（一）市环境保护行政主管部门负责制定《深圳市环境保护科研资金课题申请指南》，在网站或报刊等媒体上公布。
（二）课题申请人按照有关要求，向市环境保护行政主管部门或其委托机构提交课题申请书。
（三）市环境保护行政主管部门对申请立项的科研课题分批组织专家进行集中筛选，出具评审意见。
（四）市环境保护行政主管部门根据专家评审意见，对课题进一步审查，报市财政主管部门审核。
（五）通过市财政主管部门审核的课题，由市环境保护行政主管部门向社会公示，公示时间不少于5个工作日。
（六）市环境保护行政主管部门根据社会公示结果，报市财政主管部门联合审定、下达环境科研资金使用计划。
（七）市环境保护行政主管部门和科研资金使用申请人签订科研课题委托合同，明确课题目标、研究成果要求和资金使用计划。
（八）市财政主管部门凭课题委托合同办理资金拨付手续。
第十五条 采取招标方式确定承担人的课题按深圳市政府采购有关规定实行集中采购。
第四章 资金使用管理
第十六条 市环境科研资金的开支范围主要用于课题经费，课题经费是指课题承担人在研究过程中产生的费用。
第十七条 经费拨付按照国库集中支付及政府采购规定实施。
分期拨款的课题承担人应在课题实施到相应阶段时，向市环境保护行政主管部门提交《深圳市环境科研资金课题执行情况报表》和课题阶段研究报告，经审查合格后，由市环境保护行政主管部门报请市财政部门办理续拨款手续。
第十八条 多单位联合承担的课题，其课题经费原则上拨给课题的主持单位。课题主持单位应制定拨款分配方案，根据拨款分配方案向各协作单位下拨经费。
第十九条 由一个单位或者个人承担的课题，因研究工作需要委托有关单位承担部分研究任务，需拨付研究经费时，课题承担人必须向市环境保护行政主管部门提出书面申请，经批准后方可办理拨款。
第二十条 获得市环境科研资金支持的课题承担人对课题经费应实行单独核算，严格按照课题经费使用计划和本办法规定的开支范围使用资金。
第二十一条 课题因故终止，课题承担人应向市环境保护行政主管部门提出正式书面申请。对经批准终止或撤销的课题，课题承担人在接到终止或撤销通知后，应如实填写课题经费最终决算表，报市环境保护行政主管部门，并在两个月之内将剩余的环境科研资金归还市财政部门，剩余资产按照国家有关规定处置。
