市贸工局：牵头会同市发展改革局、行业协会以及事件发生地的区政府等相关单位组织生产、配送、调拨、监管、征用药物、器械、救援防护设备等各类应急物质。
市教育局：负责做好学校、幼托机构的健康教育工作；协助做好学校内的疫情控制措施；按疫情分级紧急控制措施的相关要求，落实学校停课、停学等措施。
市科技信息局：组织科技力量协作攻关，支持对重特大传染病疫情预防控制、临床治疗、实验室检验等科学研究。
市旅游局：负责做好游客的健康教育，必要时劝阻或限制市民到疫区旅游；督促涉外宾馆、酒店做好日常预防消毒工作。
深圳出入境检验检疫局：加强检验检疫工作，发现有可疑症状的病人，及时隔离，并通报卫生部门；对病人的接触者、污染物及其污染区域立即进行严格消毒处理。
市交通局：负责督促深圳铁路、机场（集团）有限公司和各运输单位落实各项预防措施，对发现的有可疑症状的病人及时报告卫生部门；必要时协助疏散人员、运送救援物资。
市人事局、市劳动保障局：督促有关单位落实密切接触者在医学观察期间的各项工资待遇。
市食品药品监督局：负责药品、试剂的质量监督管理，督促药品、试剂的储备，根据需要及时协助调拨。
市财政局：划拨专款，落实各项应急物资准备、病人隔离治疗、密切接触者医学观察期间的诊疗费用。
各区政府：组织领导辖区内的重大传染病疫情控制工作。组织领导辖区内各部门、各单位和广大市民群众落实重大传染病疫情的防治措施。
各街道办事处：组织落实密切接触者医学观察的隔离工作，协助安排密切接触者在隔离和接受医学观察期间的日常生活必需用品。组织领导辖区内各部门、各单位和广大市民群众落实重大传染病疫情的防治措施。
社区工作站（社区居委会）：协助各专业部门落实各项疫情防控措施，并及时向有关部门报告工作情况；协助相关单位落实各项疫情防控措施；落实后勤保障工作。
2.1.4 卫生专业队伍网络及职责
市卫生局成立专业技术指导小组，由卫生行政部门、疾病预防控制机构、医疗机构、卫生监督机构等部门组成，负责深圳市突发重特大传染病疫情的防治专业指导和队伍建设工作。各部门职责如下：
卫生行政部门：负责组织制定医疗救治、预防控制等应急方案并组织实施；及时向上级部门报送疫情信息；组织、协调、指挥卫生技术专家或应急队伍及时评估临床治疗病人的控制效果，检查各种预防措施，进一步完善各项防治方案；开展有关传染病防治科普知识宣传等工作。
疾病预防控制机构：负责建立监测网络，监测、分析并报告疫情状况；核实疫情，提出疫点和疫区划定、启动、终止建议并参与实施消毒隔离等防治措施；承担病原体的实验室检测和技术支持；建立紧急疫情控制物资储备库，储备消杀药品、检测试剂、器械、防护用品等；对疫情预防控制措施的效果进行评估，提出改进建议；建立心理应激救援工作机制；做好预防控制人员的技术培训；积极开展卫生宣传和健康教育。
医疗机构：成立医院防病工作领导小组，制定工作流程；协同市医疗救护专家指导小组开展工作，负责病人的诊断、报告、治疗和收治管理工作，不断完善治疗方案；每日报告收治病人的动态情况；加强医疗机构内的消毒隔离工作和医护人员的个人防护，防止医源性感染，预防疾病传播；开展有关业务培训和指导；做好有关卫生宣传和健康教育工作。
卫生监督机构：负责监督落实疫点、疫区预防控制措施，收治病人医疗机构消毒隔离和医务人员个人防护等措施；开展对医疗机构、食品生产经营单位、学校、托幼机构和公共场所等区域的消毒隔离、传染病报告工作的监督检查；对违反《
中华人民共和国传染病防治法》和《
突发公共卫生事件应急条例》的行为实施行政处罚；会同疾病预防控制机构做好卫生宣传教育工作。
