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开发牛羊口蹄疫病预防与控制技术；开展禽流感流行病分子生物学调查、疫情监测及疫苗研制；奶牛常见病多发病（乳房炎、产科疾病、结核病等）综合防治技术开发；布鲁氏菌病多价保护性抗原基因苗的研制；牛、羊无规定疫病区配套技术开发；防治乳房炎的多价或多联疫苗、奶牛结核病PCR检测试剂盒研制；建立禽流感PCR快速诊断技术体系、无规定疫病区技术标准和畜禽防治效果监测系系等。
--农作物重大病虫害综合防治技术开发
绿洲生态区农作物重大有害生物、病虫害成灾机理研究及可持续控制、防治技术开发；特色林果业病虫害控制技术开发；草场主要病虫鼠害预警及生态控制技术和农业气象灾害预警、控制技术开发。建立绿洲农田有害生物、病虫害调控和绿色果品生产技术体系。
4、区域特色农业产业化关键技术开发、组装与示范
根据区域特色农业产业发展与布局，以市场为导向，以改善品质、提高效益、增加农牧民收入为目标， 开展棉花、粮食、特色瓜果、逆温带小浆果与甜菜、加工番茄、香料作物、高粱等特色农产品优质高效持续发展的关键技术开发和组装配套试验与示范；开展肉牛、肉羊、奶牛、细毛羊、禽类等优质高效生产关键技术集成试验与示范。研究提出新疆区域特色农畜产品产业化生产标准。使实验示范区特色农业的科技含量、经济效益、产业化水平和农民收入显著提高。
5、食品质量安全生产关键技术开发
以葡萄、哈密瓜、香梨、杏和蔬菜、小麦、水稻、畜、禽、水产品等区域特色农产品为主要对象，开发绿色食品生产技术，制定操作规程和质量标准。在南北疆设立2-4个试验示范区，集成推广绿色食品生产技术、检测技术，建立绿色食品生产技术平台。在“十一·五”期间，申报并获得绿色食品标志25-30个，使绿色食品产品达30%以上。
6、中亚植物资源库建设
收集整理新疆及中亚地区的特有植物种质资源，建立具有地域特色的中亚植物活体汇集圃、资源库，为国家和新疆地区生态环境建设和经济发展提供物种储备。对汇集的种质资源从野外生态学、迁地保护生物学、回归引种生物学、抗逆性基因标记等方面做基础与技术领域创新研究。建立新疆抗逆中亚植物数据库。研究开发中亚抗逆植物的多种潜在的资源价值。
7、农业生态综合治理技术开发
加强干旱荒漠绿洲生态农业区可持续发展、中低产田综合治理、退耕还林还草（退牧还草）与植被恢复、高效荒漠生态草业和畜牧业等的科学研究、技术开发与示范。不断改善优化农业生态环境，进一步提高土地生产效率。
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