一般纳税人丢失专用发票的，统一由开票方到主管税务机关接受处罚，然后由防伪税控抄税岗对已开具专用发票开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，交购货方作为会计核算及抵扣凭证。
（十二）《税务行政许可－企业衔头发票申请》中增加了对是否套印发票专用章的审批项目，对于发票用量较大的纳税人，税务机关可以核准其发票在印制的同时套印发票专用章。
（十三）各级税务机关需要核销库存的次版或旧版发票的，一律通过《发票核销申请审批》文书办理。
二、完善内部管理
（一）市局在CTAIS系统向各区分局调拨普通发票后，区分局库房管理岗可以直接在CTAIS的待办事宜中打印相应的《发票出库单》，然后凭《发票出库单》直接到印刷厂领取发票；核实无误后，区分局及印刷厂的库房管理员双方应在《发票出库单》（一式三份）上签名确认。
（二）各单位发票供售部门每日工作结束后，应通过“发票对帐管理”模块核对当天的发票供售情况以及工本费收取情况，并打印《发票对帐管理统计信息表》备案。
（三）每月末发票盘点时，必须实行双人交叉盘点，并填制《发票盘存报告表》，然后再打印《发票收发存报告表》，两份报告表都应报送主管科长审阅并签名确认。
（四）一般纳税人初次申请领购增值税专用，无须签订《增值税专用发票领购、使用、保管责任书》和《防伪税控系统使用责任书》。
（五）发票验旧窗口不再办理一般纳税人增值税专用发票的验旧业务，纳税人在当月抄税以后，其专用发票结存用量影响其购票的，先到防伪税控抄税岗再次抄税，然后由防伪税控发行岗执行CTAIS的“金税工程数据恢复”模块，系统将对纳税人已抄税数据进行自动验旧。
对于在当月抄税以后其增值税普通发票结存用量影响其购票的纳税人，可以凭加盖财务印章或发票专用章的开票清单及所开具的最后一个号码发票的记帐联，到发票供售部门办理增值税普通发票验旧手续。
对于发生防伪税控系统故障等特殊情况的纳税人，可以参照增值税普通发票的规定为其办理增值税专用发票的验旧手续。
（六）已办理银税库联网的纳税人，如需办理代开发票业务应直接到发票代开窗口办理，CTAIS系统将根据纳税人的代开发票金额自动扣取税款；通过POS机缴纳现金的纳税人，仍按原“先缴税后开票”的流程处理。需要减免税的纳税人，必须先提交主管科长审核无误后方予以代开。
