补偿方案修订要以规范各方行为、合理分流病人、控制医药费用不合理增长、提高医疗服务质量为目的。鼓励同级医疗机构间开展竞争，取消相邻县域同级医疗机构转诊审批规定，简化向上级医疗机构转诊审批手续，实行农民自主择医，方便农民就近就诊和报销。参合农民外出务工期间发生的住院费用，应按同级医疗机构报销比例核报，确保农民工的权益不受侵害。补偿方案要保持相对稳定，方案的调整须报请上级卫生部门审核同意。
四、规范新农合基金使用。住院统筹基金只能用于参合农民住院医疗费用、慢性重大疾病门诊医疗费用、孕产妇住院分娩和健康体检的补偿，不得用于农民的计划免疫、预防保健、健康教育等公共卫生服务和医疗救助等。健康体检要有人群针对性和实效性，统筹基金补助年人均不得超过5元，通过健康体检，普遍建立农民健康档案。
设立家庭账户的县市区，要制定既方便农民又科学规范的家庭门诊账户基金管理办法。在保障基金安全的前提下，积极探索门诊基金统筹管理使用、门诊现场直报和住院、门诊“一本通”等有效方式，逐步淡化家庭账户储蓄存折管理，努力提高家庭门诊账户基金的使用率，减少门诊基金结余，尽可能降低管理成本，提高农民受益水平。要坚决防止将门诊账户结余资金转入或变相转入下一年度农民应缴的参合费用，杜绝有意套取国家财政补助的行为发生。
风险基金的规模应保持在该县年度筹资总额的12%，并上交市级财政专户集中管理。风险基金可按比例分年度提取，也可以一次性提取。风险基金作为专项储备资金，主要用于弥补合作医疗基金非正常超支导致的合作医疗基金临时周转困难，启用风险基金须经市州卫生、财政部门审批。
五、加强医疗服务和医药费用的监管。要始终把加强医疗机构监管、规范医疗服务行为、控制医药费用增长，作为新农合制度的一项重要工作来抓。各级卫生部门对定点医疗机构及其服务行为，应制定切实有效的监督机制、费用控制预警机制、定点医疗机构准入退出机制和对相关责任人的责任追究制度。各级定点医疗机构要切实加强内部管理，建立健全疾病检查、治疗、用药等方面行之有效的规章制度。要加强对医务人员的教育和管理，树立良好的医德医风，努力提高服务水平。
充分发挥中（藏）医药的特色和优势，扩大中医中药（藏医藏药）适宜技术的补偿范围。鼓励在县或更大范围内药品统一采购、统一价格、统一配送制度，保证药品质量，降低药品价格，保障农民用药安全、有效。
