2008年7月，将规划初稿报全国主体功能区规划编制领导小组办公室，与国家主体功能区规划和相邻省区主体功能区规划进行衔接。2008年9月，根据衔接意见进行修改后再次报全国主体功能区规划编制领导小组办公室衔接。
(五)第五阶段，论证、报批阶段(2008年 10月-2008年12月)
对全省主体功能区规划开展专家评审论证，广泛听取有关部门、地区、相邻省份和社会各界意见，根据衔接、咨询意见对规划修改完善后形成送审稿，与国家主体功能区规划领导小组办公室衔接意见、专家评审意见一并报省政府审议。
六、组织分工
(一)成立青海省主体功能区规划编制工作机构
编制省级主体功能区规划涉及面广，工作任务重，难度大，必须加强组织领导。为此，报请省政府成立省主体功能区规划编制工作领导小组，负责协调解决规划编制中的重大问题，研究制定省级层面主体功能区划方案、区域政策以及省域内跨行政区区划方案的衔接协调等重大事项。领导小组办公室设在省发展改革委，工作人员从省发展改革委等相关部门抽调，具体负责规划的前期调研、规划编制、衔接、论证、报批公布以及有关协调工作。各有关部门要按照职责分工通力协作，密切配合，共同做好规划编制工作。
(二)组建青海省主体功能区规划编制专家咨询委员会
专家咨询委员会主要是对省级国土空间的评价、主体功能区的划分及其定位、发展方向、开发时序、管制原则、政策措施等开展咨询论证，提出建议。专家咨询委员会拟聘请省内外相关专家组成，具体名单由领导小组办公室提出报领导小组审定。
(三)各部门、各地区的工作分工
省发展改革委：牵头组织、协调规划编制工作。负责全省经济社会发展现状及发展潜力评价工作；负责研究起草全省主体功能区规划分类别产业政策、投资政策、绩效评价体系和考核办法，提出专项研究报告；组织完成《青海省主体功能区规划》 (2009-2020年)文本及图件；组织建立青海省主体功能区规划数据库。
省经委：参与分类别产业政策和投资政策研究工作；参与主体功能区标准制定与评价，产业发展导向、中远期重点开发区域安排等工作，提供相关资料。参与规划相关研究。
省财政厅：负责《青海省主体功能区规划分类别财政政策研究》，提出研究报告。参与规划研究。
省国土资源厅：负责《青海省主体功能区规划分类别土地政策研究》，提出研究报告。做好主体功能区规划与土地利用总体规划间的衔接；负责省级主体功能区规划与全省基本农田规划之间的衔接；提供全省土地利用、矿产资源开发、地质灾害等有关资料；提供地质公园现状、规划及有关管理情况的资料。参与主体功能区规划指标测算和相关研究工作。
