指挥部成员单位包括安监、港务、海事、交通、环保、公安、消防、边防、卫生、民政、财政、港航、技监、气象、专业救捞等单位及各有关县、区人民政府。
应急救援指挥部下设办公室和若干应急救援小组。
（二）应急救援办公室
负责指挥部日常工作，办公地点设在南通市港务管理局，由南通市港务管理局分管副局长兼任办公室主任。
（三）应急救援小组
根据港口码头事故性质及救援需要，指挥部下设六个应急救援小组，分别是抢险救护组、警戒保卫组、侦查监测组、专家咨询组、后勤保障组和善后处理组。
抢险救护组由消防、抢险、医疗、卫生、清污、堵漏、破拆清障、救生、打捞、供电、交通及事故单位等方面的专业人员组成；
警戒保卫组由公安、治安、交通、海事、社区及事故单位等方面的专业人员组成；
侦查监测组由环保、卫生、质监及事故单位等方面的专业人员组成；
专家咨询组由安监、海事、港务、消防、抢险、环保、医疗、卫生、通讯、气象、港机、化工等方面的专家组成；
后勤保障组由事故单位及采供、生活、运输、劳护等方面的人员组成；
善后处理组由事故单位、当地政府（或主管部门）及港务、海事、安监、公安、环保、工会、劳动、民政等方面的专业人员组成。
三、指挥人员及成员单位职责
（一）指挥长职责
1． 定期召开指挥部成员单位例会，组织指挥预案的演练；
2．决定启动本预案；
3．审核重大险情及救援进展等情况的新闻报导；
4．重特大事故发生后，亲自或委托副指挥长赶赴事故现场进行指挥，成立现场指挥部，批准现场救援方案，组织现场抢救；
5．发布警戒和疏散命令。
（二）副指挥长职责
1．在指挥长的领导下具体负责现场应急救援工作；
2．根据事故情况，牵头负责履行本单位、部门的职责；
3．协调本单位、部门与相关单位、部门分工协作的工作；
4．受指挥长的指定或委托，代行指挥长职责；
5．向指挥长及时汇报应急救援进展情况；
6．组织编制、修改本应急救援预案。
（三）应急救援办公室职责
