全省第三次文物普查从2007年6月开始，到2011年12月结束，历时4年7个月，分为3个阶段进行。普查标准时点为2007年9月30日。
第一阶段：2007年6月至9月，主要任务是成立普查机构，组建普查队伍，确定技术标准和规范，开展培训和试点工作。印发《云南省第三次文物普查工作手册》，选择有代表性的县 (市、区)开展试点工作，组织培训州(市)的文物普查骨干。州(市)负责培训县(市、区)的普查工作人员。
第二阶段：2007年10月至2010年12月，主要任务是实地开展野外普查工作。由各州 (市)统一组织，以县(市、区)为单位开展。通过宣传访问，查找线索，深入乡村、街道、部队、厂矿，进行实地调查。对普查的文物点，认真做好测绘、照相、表格填写等工作。这一阶段是普查工作的关键，所获取信息数据资料的真实性、完整性、科学性直接影响到普查工作的质量和水平。
第三阶段：2011年1月至12月，主要任务是整理普查资料、建立文物档案数据库和公布普查成果。对普查采集的原始数据和相关资料进行核实、整理，将普查信息汇总输入州(市)级、省级和国家的文物普查信息数据库。普查工作结束后，进行总结表彰，奖励在普查工作中做出优异成绩的先进单位和个人。
四、组织领导
根据国家的总体部署和要求，省人民政府决定成立云南省第三次文物普查工作领导小组，负责普查工作的组织和领导，协调解决重大问题。各州(市)、县(市、区)也要成立相应的文物普查领导小组及其办公室，加强组织领导，确保各项工作落实到位。
五、加强宣传，认真做好资料填报
各地文化(文物)部门及新闻媒体要通过多种渠道，形式多样地宣传普查的目的意义、内容范围、方法步骤等内容，在人民群众中进行一次文化基本价值的动员和教育，调动群众积极参与，进一步形成人人关心和参与文化遗产保护事业的良好氛围。
文物普查是一项艰苦细致的工作，普查人员要发扬吃苦耐劳精神，深入群众，实地踏勘，调查了解每一处文物遗迹。运用现代科技手段，提高普查信息精确度和工作效率，并充分利用已有的文物调查项目成果，按时保质地完成普查任务。按照《
中华人民共和国统计法》的有关规定，如实填报普查信息。普查机构及其工作人员要妥善保存普查数据和资料，对普查中涉及的国家秘密，必须履行保密义务。
六、经费保障
