第二阶段：自查自纠和依法查处阶段（2006年5月中旬至11月）。市、县食品药品监督管理部门要组织本部门和药品、医疗器械生产经营企业，用7个月左右的时间，集中开展不正当交易行为的自查自纠，根据自查阶段的发现和群众举报线索，严肃查处商业贿赂案件。
　　食品药品监督管理部门和药品、医疗器械生产经营企业要制定切实可行的工作方案，开展自查自纠。通过问卷调查、召开座谈会、调查群众来信来访等形式，摸清药品、医疗器械生产经营企业在经营活动中违反商业道德和市场规则，影响公平交易的手段做法，掌握基本情况。自查自纠要把握政策、讲求策略，自查从宽、被查从严。对查找出的问题，根据错误事实、情节轻重、影响大小和认识态度等不同情况，予以区别对待。对情节轻微的，以批评教育和自我纠正为主；对虽有问题但能主动说清并认识错误的，可以依据有关规定从轻、减轻或免于处分。
　　要建立情况通报、线索移送、案件协查、信息工享机制。面向社会公布监督举报电话，畅通发现商业贿赂问题的线索和渠道。动员群众反映和举报商业贿赂问题，鼓励企业内部人员和同类企业举报投诉；注意保护投诉举报人，对投诉举报商业贿赂有功人员给予奖励。对举报出来的问题要梳理归类，按照有关规定，确定不正当交易行为的性质，属于涉嫌违法犯罪的，立即移交司法部门；属于违纪违规的，移交纪检监察部门；属于不正当竞争的，移交工商部门；属于行业不正之风的，要结合纠风工作，实事求是地做出处理。
　　加大查处力度，突出查办大案要案。对性质恶劣、情节严重、涉案范围广、影响面大的商业贿赂案件，要依法从严惩处。严肃查处涉及国家公务员在商业活动中收受贿赂的行为。准确适用法律和政策，严格区分罪与非罪，坚持宽严相济。敦促有商业贿赂问题的单位和人员向执纪执法部门主动交代，对主动交代问题并积极退赃的依法从轻、减轻或免于处罚。
　　认真查找监管中的漏洞和薄弱环节，研究提出整改措施和解决办法。督促药品、医疗器械生产经营企业总结经验教训，端正经营思想，规范经营行为，做到依法、诚信经营；督促食品药品监管机关和事业单位工作人员牢固树立廉洁从政和依法办事的意识，做到奉公守法、廉洁自律。
　　第三阶段：总结提高阶段（2006年12月至2007年1月）。治理药品、医疗器械生产经营企业商业贿赂是一项复杂而艰巨的任务，既要集中时间开展专项治理，又要从大局和长远出发常抓不懈，与整顿和规范市场秩序相结合，与构建惩治和预防腐败体系相结合，深化改革，完善制度，建立健全防治商业贿赂的长效机制。
　　要进一步强化监管措施。各级食品药品监管部门要加强对行业内经营组织的引导和约束。加大对不正当竞争、限制竞争、非法经营、无证经营等行为的打击力度，提高监管实效。依法规范资质审批管理，严格行业准入标准。完善监管制度，加大制度执行检查力度。

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