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各县（区）人民政府成立重大动物疫病防制指挥部，结合实际成立相应的疫情应急处置预备队。
（三）指挥部各成员单位职责
农牧部门：负责组织制订突发重大动物疫情防治技术方案；统一组织实施突发重大动物疫情的防控措施，并进行检查、督导；根据预防控制工作需要，依法提出对有关区域实施封锁等建议；制订突发重大动物疫情信息发布标准，发布和授权发布突发重大动物疫情信息；紧急组织调拨疫苗、消毒药品等应急防疫物资；提出启动、停止疫情应急控制措施建议；组织对扑疫及补偿等费用和疫情损失的评估。
宣传部门：组织新闻媒体，及时报道农牧部门授权发布的突发重大动物疫情信息，积极配合有关部门正确引导舆论，加强突发重大动物疫情应急处理的宣传报道和动物防疫知识普及。
发改部门：协助做好重大动物疫病防治所需物资储备的规划工作，把动物防疫物资储备库及动物疫病诊断实验室等基础设施建设项目列入国民经济发展计划。
公安部门：密切注视疫情动态和与疫情有关的社会动态，参与做好疫区封锁、动物扑杀等工作，依法、及时、妥善地处置与疫情有关的突发事件，查处、打击违法犯罪活动，维护社会稳定。
监察部门：负责监督检查国家行政机关及其工作人员在突发重大动物疫情应急处理工作中履行职责的情况，对工作中的失职、渎职等违纪违法行为进行查处。
财政部门：保证突发重大动物疫情应急处理所需经费，并做好经费和捐赠资金使用的监督管理工作。
铁道部门和民航部门：保障与突发重大动物疫情应急事件相关的铁路和航空畅通等，以防止疫情扩散。
交通部门：负责提供与突发重大动物疫情应急事件相关的公路和水路畅通等工作措施保障，以防止疫情扩散。
卫生部门：负责疫区内人员防护有关标准的制定和技术指导，以及高危人群的预防和医学观察、人间疫情监测工作。
商务部门：协助做好畜禽屠宰场（点）的防疫管理和消毒等工作。
海关：要加强查验工作，防止在允许出入境的货物、物品中夹带疫区的动物及其产品。严厉打击非法进口动物及其产品活动，防止疫区动物及其产品进出境。
检验检疫部门：负责做好出入境动物及动物产品的检验检疫工作，防止动物疫病的传入传出；及时收集、分析境外重大动物疫情信息，并及时向应急指挥部报告有关情况。
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