（一）一般纳税人申请抵扣（或办理出口退税）的防伪税控系统开具的专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内（用于办理出口退税的30日内）到税务机关认证，否则不予抵扣增值税或办理出口退税。
（二）一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣。否则，不予抵扣增值税。
（三）辅导期一般纳税人应在取得《稽核比对结果通知书》的当月抵扣增值税。
四十七、下列专用发票抵扣联暂不予认证：
（一）税务登记证号填写错误的抵扣联；
（二）新认定的一般纳税人在认定期起之前取得的抵扣联；
（三）在正式变更税务登记证号之前用新税务登记证号取得的抵扣联；
（四）防伪税控系统中无档案信息的抵扣联。
四十八、对经过认证的专用发票抵扣联要当场加盖有关戳记，并按规定打印《认证结果通知书》。
四十九、专用发票抵扣联认证时与失控发票比对为“认证时失控发票”和“认证后失控发票”的，均不得作为增值税抵扣或出口退税凭证，认证岗位应根据以下不同情况进行处理：
（一）纳税人持抵扣联到税务机关认证时，系统自动将认证的抵扣联数据与失控发票数据进行自动比对，如系统提示认证结果为“认证时失控发票”的，认证岗位人员应立即扣留纸质发票，将纸质发票复印件、《认证结果通知书》及相关信息软盘于当日转稽查部门。
（二）系统通过每天新增的失控发票数据、撤消失控发票数据与前期已认证相符的抵扣联数据自动比对，如系统提示认证结果为“认证后失控发票”，认证岗位人员应于2个工作日内通知纳税人将抵扣联原件报税务机关，并于扣留纸质发票、追回已抵扣税款后的当日将纸质发票复印件、《认证结果通知书》和相关信息软盘等资料及时转稽查部门。
稽查部门查结后，应将结果及时反馈税源管理部门。
五十、防伪税控认证系统发现涉嫌违规发票的处理：
防伪税控认证系统发现涉嫌违规发票除第四十九条所称“失控发票”外，还分为“无法认证”、“认证不符”、“密文有误”、“重复认证”和“纳税人识别号认证不符（指专用发票所列购货方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符）”五种。
（一）凡防伪税控认证系统发现的上述五种专用发票，一律不得作为增值税的抵扣或出口退税凭证。
（二）属于“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”和“认证不符”中的“发票代码号码认证不符（指密文和明文相比较，发票代码或号码不符）”的发票，税务机关应将发票原件退还纳税人，纳税人可要求销货方重新开具。
（三）属于“重复认证”的发票，应将电子信息和纸质专用发票等资料立即移送稽查部门查处。
（四）属于“密文有误”和“认证不符（不包括发票代码号码认证不符）”的发票，应将电子信息和纸质专用发票等资料立即移交稽查部门处理。
稽查部门查结后，应将结果及时反馈税源管理部门。
增值税纳税申报
五十一、使用开票系统的一般纳税人（除执行增值税“预征-结算”“汇总缴纳”征税办法的分支机构和实行简易征收办法的一般纳税人）必须使用增值税介质申报方式进行纳税申报。其他一般纳税人，可采用纸质方式进行申报。
五十二、受理、审核、审批介质申报方式的程序：
（一）一般纳税人填报《数据电文申请审批表》（两份），并携带税务登记证副本（原件和复印件），到文书受理岗位进行介质申报方式的申请。
（二）文书受理岗位接收申请材料后，对原件和复印件核对一致、资料齐全、《申请表》填写符合规定的，予以受理，并开具《文书受理通知书》给申请人，将申请资料的原件退回申请人，相关资料传递给计征科（股）负责人。
对申请材料不符合规定的，不予受理，文书受理岗位应当场一次性告知申请人更正和需要补正的全部内容。
（三）计征科（股）负责人审核纳税人的申请以及纳税人的申请、资格后，在综合征管软件中进行审批。
（四）文书受理岗位根据审批结果进行文书销号和制发《文书申请审批通知书》。
上述资料交纳税人后，进行文书通知书领取销号。
五十三、一般纳税人进行增值税纳税申报时，必报资料为：
（一）介质申报存储介质（软盘或U盘等）；
（二）记录当期纳税信息的IC卡（使用小容量税控IC卡的纳税人还需持有报税数据软盘）、《增值税专用发票汇总表》；
使用小容量IC卡主、分开票机的纳税人报税时，必须报送汇总软盘和汇总的主开票机IC卡。使用大容量IC卡的主、分开票机报税则只需分别报送抄税后的主、分机IC卡即可。
（三）《增值税纳税申报表（适用于增值税一般纳税人）》及《增值税纳税申报表附列资料（表一）、（表二）》；
（四）《成品油购销存情况明细表》（发生成品油零售业务的纳税人填报）；
（五）一般纳税人取得所有需抵扣增值税进项税额的海关进口增值税专用缴款书（海关完税凭证）、废旧物资发票、货物运输发票，应报送《海关完税凭证抵扣清单》、《废旧物资发票抵扣清单》、《增值税运输发票抵扣清单》和载有上述三种清单电子数据的软盘（或其它存储介质）；
（六）废旧物资回收经营单位应报送《废旧物资发票开具清单》和载有《废旧物资开具清单》电子数据的软盘（或其它存储介质）；
（七）一般纳税人取得需计算抵扣增值税额的收购或购买农产品的发票，应报送《农产品收购抵扣汇总清单》；
（八）实行增值税“预征-结算”的总分支机构，对分支机构按销售收入比例分配应纳税额申报缴纳增值税的，应报送总分支机构的《增值税纳税申报表（适用于一般纳税人）》；
（九）主管税务机关规定的其他必报资料。
