市级各部门职责：
市环保局：按照法律赋予的统一监督管理职能，发挥专项整治行动的主导作用，严格执法，专项行动中要加大现场检查和惩处环境违法行为的力度，着力解决群众反复投诉、未得到妥善解决的环境污染问题，特别是饮用水源和局部区域空气污染问题；加强对化工、造纸、水泥、酿造、钢铁等行业的污染治理的监督力度。确定整治重点单位名单，进一步推进工业污染治理工作，督促企业落实工作责任，落实治理方案，落实治理资金，落实工作进度，切实保障治理任务的完成。及时向省专项领导小组报告工作进度和工作总结。
市发改委：严格审批新建项目，不符合国家的产业和技术政策项目，不符号各种规划的项目一律不予审批；清理整顿违法违规的新建项目。
市经委：严格审批技术改造项目，不符合国家的产业和技术政策以及各种规划项目一律不得审批；清理整顿违法违规的技术改造项目；监督检查落后淘汰的生产能力、工艺和产品，依法提请市人民政府予以取缔、关闭。组织、监督电力企业按照政府决定，对违法排污企业采取停电、限电措施。
市监察局：负责对区县人民政府、市级各部门、国有（控股）企业及其工作人员的环境行为实施监督，对违反环境保护法律法规，造成严重环境污染和生态破坏的，依法追究有关责任人员行政责任。对区县人民政府出台的违反环境保护法律法规的政策、规定、办法和做法，依法予以纠正。
市工商局：协助并执行当地人民政府对违法企业下达的取缔、关闭决定，依法吊销营业执照；依法取缔无照经营的不法排污企业。
市司法局：负责对环境保护法律法规进行宣传，为开展专项整治行动营造良好的法治环境，对群众维护合法的环境权益提供必要的法律支持和帮助。
市安监局：加强对企业的安全生产的监管，促使企业完善安全生产条件，防止或减轻因生产安全事故引发的环境污染和生态破坏。
三、明确整治要求和重点
（一）集中整治威胁饮用水源安全的污染和隐患
要在2005年饮用水源保护区专项检查基础上，对生活饮用水地表水源一级保护区内的环境违法问题进行集中整治。做到“五落实”：落实划定集中式饮用水源保护区；落实保护区内设立标志牌和宣传牌；落实清除保护区内的污染源特别是农村畜禽养殖污染源；落实消除保护区内的安全隐患；落实保护区的应急预案和各项措施。
（二）整治工业园区的违法排污问题
对化工、造纸、酿造、矿山和废旧物资加工等企业的排污问题进行集中清理，重点加强纳溪、合江、高坝和福集工业园区的检查，督促化工企业做好环境风险评估及其防范措施的落实，抓好“六查”：查排污口是否规范，查有无污染治理设施，查污染治理设施是否正常运转，查污染物排放是否达标，查是否偷排、漏排；查阳奉阴违的问题。
