市人民政府设立防汛抗旱指挥部，行使政府防汛指挥职能，领导和指挥全市的防汛工作，其办事机构市人民政府防汛抗旱指挥部办公室设在市水利局。
2.1 市防汛抗旱指挥部职责
市防汛抗旱指挥部负责领导组织全市的防汛工作，组织制定全市防御洪水方案，及时掌握全市汛情、灾情，按照不同洪水量级发布洪水预报、汛情公告和防洪警报。对防汛抗洪做出科学决策，统一指挥、统一调度及监督全市各级各部门的防汛工作，并组织实施抗洪抢险减灾措施，做好洪水管理工作，组织灾后处置，协调相关工作。
2.2 市防汛抗旱指挥部组织机构
2.2.1 市防指组织机构。市防汛抗旱指挥部由市政府分管市长任指挥长，泸州军分区参谋长、市政府分管副秘书长、市水利局局长任副指挥长，市政府新闻办公室、泸州军分区、水利局、救灾办、发改委、经委、公安局、财政局、规建局、民政局、国土资源局、交通局、广电局、卫生局、农业局、气象局、安监局、城管局、航务局、粮食局、供销社、泸州电业局、电信分公司、移动分公司、联通分公司、财保泸州分公司等部门负责人和武警部队、驻泸部队的领导为指挥部成员。成员单位主要职责如下：
市政府新闻办公室：把握全市防汛宣传工作导向，及时指导、协调新闻单位做好防汛抗旱新闻宣传报道工作。
泸州军分区：根据汛清，组织协调驻泸部队、民兵担负抗洪抢险、营救群众、转移物资和执行重大防洪抗灾任务。
市水利局：负责水利工程的行业管理；按分级分责原则负责所管水利工程的运行安全和渔业船舶的安全管理工作，组织对病险水库的监测处理，水利工程防洪抢险和水利水毁工程的修复；负责全市主要河道管理及清障工作。
市政府救灾办：协调防汛抗旱的抢险、救灾工作，制定抗灾救灾措施，安排生产救灾资金和物资；负责全市灾情核查、收集和上报等工作并及时向市委、市政府和市防汛抗旱指挥部报告。
市发改委：指导防汛规划和建设工作，负责协调重点防汛设施、除险加固工程建设的计划安排和资金筹措。
市经委：负责所辖工贸企业的防汛抗灾保安工作并及时收集统计工贸企业的洪涝灾情，协调抗洪抗灾电力的调配。
市公安局：负责维护防汛抢险、灾区社会治安、交通秩序，确保抗洪抢险人员和物资运输防洪专用车畅通；依法打击造谣惑众和盗窃、哄抢防汛物资、物料及破坏水利、水文、通信及电力设施的违法犯罪活动；协助有关部门妥善处置因防汛引发的群体性治安事件，协助防汛部门组织群众从危险地区安全撤离或转移；协助水行政主管部门做好河道清障工作。
市财政局：负责防汛经费的筹措、调拨和监督使用，确保防洪工程抢险应急及抢险救灾资金及时到位。
市规建局：负责城镇建设工地防御洪水和因建设施工而可能带来不安全隐患的监督管理，临河建筑物安全检查。配合有关部门组织、指导城市市政设施和民用设施（供水、供气等）的防洪保安工作。在重大洪灾时负责灾区群众的饮用水、生活燃料供应。
市民政局：及时掌握并报送洪灾情况，负责洪涝灾区群众的安置、生活救助工作及救灾救济资金、物资的管理使用和发放，负责救灾捐赠资金、物资的接收、管理和发放，协助地方政府组织开展生产自救。
市国土资源局：按《泸州市突发地质灾害应急预案》，承担相应的组织、协调、指导和监测工作。
市交通局：负责所辖水运和公路交通设施工程、设备的防洪安全；及时组织水毁公路、桥梁的修复，做好公路（桥梁）在建工程安全度汛工作；配合水利部门做好通航河道的堤防、护岸的保护；协调组织运力做好防汛抗旱和防疫人员、物资及设备的运输工作；为紧急抢险和撤离人员及时提供所需车辆、船舶等运输工具。
市广播电视局：负责及时准确报道经市防汛抗旱指挥部审定的汛情、灾情和各地防汛动态。负责宣传报导防汛抗洪和抢险救灾工作。
市卫生局：编制汛期医疗救护、卫生防疫预案，负责洪涝灾区的疾病预防控制和医疗救护工作，及时向市防汛指挥部提供灾区疫情与防治信息。
市农业局：及时掌握农业洪涝灾害情况，负责指导洪涝灾害后的农业救灾、生产恢复工作；负责种子等救灾物资的储备、调剂和管理工作。
市气象局：负责气候监测和预测预报工作，汛期对重要天气形势和灾害性天气做出滚动预报并及时向市委、市政府和防汛抗旱指挥部及有关成员单位提供气象信息和雨情实况信息。
市安监局：负责监督汛期安全生产工作，在汛期要加强对矿山及其尾矿库和其他重要工程设施安全度汛工作的监督检查。
市城管局：负责监督、检查城市市政设施和民用设施的防洪安全工作，制定城市防洪排涝规划和防洪排涝应急预案，组织实施城区排涝、清淤工作。
