本次全国污染源普查的标准时点为2007年12月31日。本次普查共分为三个阶段进行：
（一）准备阶段：2007年9月至2007年底。开展普查的前期准备工作，进行动员宣传，编制完善普查方案与技术规范，开展软件研发、业务培训和污染源普查监测等技术准备工作。
（二）全面普查阶段：2008年1月-12月。全面开展污染源普查，对排污单位和企业进行检查和调查，填报普查表，结合监测结果完成普查表的审核和数据录入、统计、汇总、分析工作，建立污染源档案，接受广东省普查办公室的审核和验收。
（三）总结阶段：2009年。对普查工作进行总结、验收和结果发布。
三、普查的组织与实施
为加强领导，确保我市污染源普查工作顺利完成，市政府决定成立深圳市第一次全国污染源普查领导小组，负责普查的组织和实施工作。领导小组组长由吕锐锋副市长担任，副组长由黄锦奎副秘书长和市环保局郭雨蓉、市统计局邓平同志担任，成员由福田区政府朱廷峰、罗湖区政府张斌、南山区政府宋强、盐田区政府黄小琼、宝安区政府王立新、龙岗区政府王玉国和市发展改革局沈毅、市贸工局张涞临、市公安局施志刚、市财政局伍秀琼、市建设局梁小群、市水务局胡嘉东、市农林渔业局邓寿棠、市卫生局张英姬、市环保局张建安、市工商局曹炳洲、市质监局郭晓渝、市城管局刘初汉、深圳警备区虞乔琼、武警深圳指挥部郭伟同志担任。
领导小组下设办公室，办公室设在市环保局，负责普查工作的业务指导和督促检查，并会同市统计局负责数据统计和分析方面的工作。办公室主任由张建安同志兼任。
各区政府要相应成立污染源普查领导小组和工作办公室，负责组织实施本辖区的污染源普查工作。
鉴于本次全国污染源普查涉及范围广、参与部门多、普查任务重、技术要求高、工作难度大，各区政府和相关部门应按照“全国统一领导、部门分工协作、地方分级负责、各方共同参与”的原则，制定相应的工作方案，认真做好相关的宣传动员和组织实施工作。
四、普查经费
我市污染源普查所需经费由市和各区人民政府共同负担，并列入相应年度的财政预算，按进度拨付，确保及时到位。
五、普查资料的填报与管理
凡在我市境内污染源普查范围内的单位，都必须严格按照《
中华人民共和国统计法》的有关规定和此次普查的具体要求，按时、如实地填报普查数据，确保基础数据真实可靠。任何地方、部门、单位和个人都不得虚报、瞒报、拒报、迟报，不得伪造、篡改普查资料。
