专项检查分三个阶段进行：
第一阶段：法律法规宣传和用人单位自查阶段（2006年10月23日至11月20日）。各地要采用多种形式，广泛宣传解决拖欠农民工工资问题的重要意义，进一步普及《
劳动法》、《
劳动保障监察条例》、《
工资支付暂行规定》、《最低工资规定》、《
建设领域农民工工资支付管理暂行办法》等劳动保障法律法规知识，提高用人单位和劳动者特别是广大农民工的法律意识，促使用人单位按时足额支付劳动者工资，帮助农民工学法、懂法，并能运用法律武器维护自己的合法权益，营造维护农民工合法权益的法制环境。
各级劳动保障行政部门应当向所辖区域检查范围内的用人单位发出关于报送工资支付有关情况的书面通知，要求用人单位对其工资支付情况认真开展自查，对存在的问题提出整改方案，并将自查情况及整改方案材料按规定的时间报送。存在拖欠、克扣农民工工资问题的用人单位，要在整改方案中详细说明拖欠、克扣工资的数额、涉及人员数及人员构成情况、拖欠的时间、产生拖欠的原因，并制定具体可行的偿还计划。
第二阶段：汇总上报拖欠工资数额阶段（2006年11月21日至12月3日）。各地劳动保障行政部门对所辖区域各类用人单位拖欠农民工工资情况进行汇总，准确掌握拖欠农民工工资基本情况，并按时逐级上报上一级劳动保障行政部门，涉及建筑施工企业的，要抄送上一级建设部门。
第三阶段：执法检查阶段（2006年12月6日至2007年2月12日）。各级劳动保障、建设、公安部门和工会组织要成立联合执法检查组，并积极争取人民法院、工商、新闻媒体等有关部门的支持配合，整合力量，整体联动，对重点行业、重点区域以及在自查阶段发现的问题，要进行逐户检查，对违反有关法律法规，侵害农民工合法权益的案件要做到发现一个查处一个，并加大对侵害劳动者合法权益的用人单位以及责任人的处罚力度。
各地要严格按照《关于解决建设领域拖欠农民工工资问题的意见》（内政办字〔2005〕177号）和《关于建筑行业建立农民工工资保障金制度的通知》（内建办字〔2004〕70号）精神，建立和完善农民工工资保障金制度。
