1、总机构应按各分支机构的销售额对当月实现增值税进行分摊，如统一核算的增值税当月应纳税额为负数（即有留抵税额）的，不再计算分配，留待下期抵扣。
2、分支机构应分摊的增值税按以下公式计算：
各分支机构应分摊的增值税＝总机构统一核算的当月应交增值税总额×（分支机构实现销售额÷总机构当月实现销售额总额）。
3、总机构应在每月7日前汇总编制《增值税纳税申报表》、和《汇总纳税企业及其所属分支机构应交增值税分配表》（附表二），并传递给相关分支机构，作为分支机构在预缴申报时的附报资料。
4、汇总企业的分支机构应根据《汇总纳税企业及其所属分支机构应交增值税分配表》所列本地区的增值税分配数向主管国税机关办理预缴申报，并及时将有关税款入库信息回馈给总机构。
5、总机构在收到各地分支机构增值税入库信息后，在每月10日前向主管税务机关办理纳税申报，结清税款。同时附报《汇总纳税企业及其所属分支机构应交增值税分配表》及分支机构的入库证明（复印件）。
（二）经批准采取“统一计算应纳税额、统一申报、由总机构统一缴纳、年终由地方财政统一调整地方财政利益”方式的：
1、总机构应按月汇总编制《增值税纳税申报表》、以销售额比例为依据编制《汇总纳税企业及其所属分支机构应交增值税分配表》，并传递给所属统一核算的分支机构，由分支机构报送所在地主管税务机关备查。
2、总机构应在次月申报期内向其主管税务机关办理增值税纳税申报并结清税款，同时附报《汇总纳税企业及其所属分支机构应交增值税分配表》。
3、总机构应按年向审批的财政机关报送《汇总纳税企业及其所属分支机构应交增值税分配表》的汇总表，作为财政机关调整地方财政利益的依据。
4、各分支机构不再办理增值税申报和缴纳增值税。
（三）经批准采取“统一计算应纳税额，按预先确定的比例进行分配，由分支机构根据分配比例计算的增值税按收入级次分别预缴申报入库，由总机构汇总办理纳税申报”方式的：
1、总机构每月按规定汇总计算当月增值税应纳税额。如增值税当月应纳税额为负数（即有留抵税额）的，不再计算分配，留待下期抵扣。
2、分支机构应分摊的增值税按以下公式计算：
各分支机构应分摊的增值税＝总机构统一核算的当月增值税应纳税额×分支机构应分摊配税额的比例
3、总机构应在每月7日前汇总编制《增值税纳税申报表》、和《汇总纳税企业及其所属分支机构应交增值税分配表》，并传递给相关分支机构，作为分支机构在预缴申报时的附报资料。
4、分支机构应根据《汇总纳税企业及其所属分支机构应交增值税分配表》所列本地区的增值税应纳数向主管国税机关办理预缴申报，并须及时将有关税款入库信息回馈给总机构。
5、总机构在收到各地分支机构增值税入库信息后，在每月10日前向主管税务机关办理纳税申报，结清税款。同时附报《汇总纳税企业及其所属分支机构应交增值税分配表》及分支机构的入库证明（复印件）。
第六章 日常管理
第十七条 汇总纳税企业及其所属统一核算分支机构，应按《
税务登记管理办法》等相关规定向其主管国税机关办理税务登记。分支机构在办理税务登记时，除规定申请资料外还应提供总机构的税务登记证（副本）及与总机构实行统一核算的证明材料。
