1．根据水管单位的类别和性质，采取不同的财政支付政策。纯公益性水管单位，其编制内在职人员经费、离退休人员经费、公用经费等基本支出由同级财政负担。工程日常维修养护经费在水利工程维修养护岁修资金中列支。工程更新改造费用纳入基本建设投资计划，由发改部门在非经营性资金中安排。
事业性质的准公益性水管单位，其编制内承担公益性任务的在职人员经费、离退休人员经费、公用经费等基本支出，由同级财政负担；公益性部分的工程日常维修养护经费等项支出，在水利工程维修养护经费中列支；更新改造费用纳入基本建设投资计划，由发改部门在非经营性资金中安排；经营性部分的工程日常维修养护经费由企业负担，更新改造费用在折旧资金中列支，不足部分由发展改革部门在非经营性资金中安排。单位的经营性资产收益和其他投资收益要纳入单位的经费预算。各级水行政部门及时向同级财政部门报告水管单位各种收益的变化情况，以便财政部门实行动态核算，并适时调整财政补贴额度。企业性质的水管单位，其所管理的水利工程的运行、管理和日常维修养护资金由水管单位自行筹集，财政不予补贴。企业性质的水管单位要加强资金积累，提高抗风险能力，确保水利工程维修养护资金的足额到位，保证水利工程的安全运行。
水利工程日常维修养护经费数额，由财政部门会同同级水行政主管部门按照水利部和财政部共同制定的《
水利工程维修养护定额标准（试点）》（水办〔2004〕307 号）核定。
2．水利工程维修养护岁修资金筹集。为保障水利工程的安全运行、效益的充分发挥和水管体制改革的顺利推进，各级政府要合理调整水利支出结构，积极筹集水利工程维修养护岁修资金。各级水利工程维修养护岁修资金来源为地方水利建设基金和河道工程修建维护管理费（待省政府出台政策后，按此执行），不足部分由地方财政给予安排。市级水利建设基金每年要拿出30%（调整后的市级水利建设基金使用结构为：55%用于水利工程建设，30%用于水利工程维护，15%用于应急度汛工程）用于水利工程的维修养护。
市水利工程维修养护岁修资金主要用于市属水利工程、主要骨干防洪工程、大型灌区骨干工程的维修养护，以及对贫困县所属的非经营性水利工程的维修养护经费的补贴。
3．严格资金管理。所有水利行政事业性收费均实行“收支两条线”管理。对已纳入财政预算的行政事业性收费，其相应的支出同级财政部门应予以安排。对作为预算外管理的行政事业性收费实行专户管理，严格按规定用途使用。经营性水管单位和准公益性水管单位所属企业必须按规定提取工程折旧。工程折旧资金、维修养护经费、更新改造经费要做到专款专用，严禁挪作他用。各有关部门要加强对水管单位各项资金使用情况的审计和监督。
