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市财政局：负责保证红火蚁疫情应急控制所需经费，并加强经费使用的管理和监督。
市科技局：组织力量开展红火蚁应急防治技术科研攻关，做好防治技术储备。
市公安局：密切注视疫情动态和与疫情有关的社会动态，指导疫情发生地公安部门参与做好疫区封锁、扑杀红火蚁等工作，依法、及时、妥善地处置与疫情有关的突发事件，查处打击违法犯罪活动，维护社会稳定。
市监察局：负责监督检查市直有关单位和下级指挥部及工作人员在红火蚁疫情应急防控工作中履行职责的情况，对工作中的失职、渎职等违纪行为进行查处。
市民政局：负责对受灾群众的生活救助。
市交通委：负责提供红火蚁疫情应急控制人员以及防控药品、器械等应急物资和有关样本的公路、水路运输保障。
市外资局：配合农业、出入境检验检疫等部门，做好国外可能对我市农产品设限的应对工作。
市卫生局：负责监测红火蚁在居民生活区中发生情况，做好预防和红火蚁叮咬受伤人员治疗工作。
市林业局：负责做好疫区内林地和木本植物的红火蚁调查及防控工作。
市工商局：根据对疫区（点）封锁情况，加强对疫区内植物及其产品交易市场的监管，依法关闭疫区内植物及其产品市场。
市政府纠风办、市治理公路和水上交通“三乱”办、市交警支队：负责协助做好植物检疫临时检查站的设置和监督工作。
市海防办、厦门海关、市公安边防支队：负责加强对出入境植物及其产品的监管，打击走私植物及其产品等违法行为。
南昌铁路局厦门火车站、民航厦门监管办：负责保证红火蚁疫情应急控制人员以及防控药品、器械等急用物资和有关标本的航空或铁路运送，确保安全、快速，防止疫情扩散。
厦门出入境检验检疫局：负责做好出入境植物及其产品和其它检疫物的检验检疫工作，防止疫情的传入传出；及时收集、分析境外红火蚁疫情信息，并及时向指挥部通报有关情况。
警备区后勤部：负责驻厦部队红火蚁疫情应急防控工作，协调驻厦部队支援地方做好红火蚁疫情的应急处置工作。
市武警支队：组织指挥武警部队参与红火蚁疫情的应急控制行动，配合公安部门参与做好疫区封锁等工作。
其它有关部门根据本部门职责和红火蚁疫情应急处理的需要，组织做好相关工作。
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