采取分摊计算办法预缴增值税的，由市州烟草公司计算各县（市）烟草营销部每月应分摊预缴的增值税额，并将有关数据以税款预缴通知的形式传递给各营销部，由各营销部根据税款预缴通知向所在地国税机关申报缴纳。
市州烟草公司应将每月下达的税款预缴通知及县（市）营销部已纳税凭证的复印件作为纳税申报附列资料，报请主管税务机关核查。
4.发票管理：增值税专用发票由市州烟草公司统一领购和填开使用，县级营销部不再单独使用增值税专用发票。
普通发票由各市州烟草公司或各县（市）营销部分别向其主管国税机关按照规定购领使用，并接受监管。销售发票由市州烟草公司或各县??营销遨堀?后（配送货物时送交购货人或事后定期开具。灟叶收购发票由市州烟草公司指定营销部专人负责领取、填开。
5.税务稽查：由市州烟草公司所在地稽查局以一般纳税人作为选案对象，没有特殊情况，县（市）营销部可不作为稽查对象。
二、地税征管问题
1.营业税分别由市州烟草公司、县营销部向应税劳务发生地、土地及不动产所在地主管地方税务机关申报缴纳。
2.城建税、教育费附加由市州烟草公司、各营销部在缴纳增值税、营业税的地点向主管地方税务机关申报缴纳。
3.印花税由市州烟草公司统一向其所在地主管地方税务机关申报缴纳。
4.城镇土地使用税、房产税、车船使用税分别由市州烟草公司、各营销部向其所在地主管地方税务机关申报缴纳。
5.契税分别由市州烟草公司、各营销部向土地、房屋所在地的财政机关缴纳。
6.个人所得税由直接支付所得的单位为扣缴义务人。
7.各县、市地方税务局应对取消法人资格的县级烟草公司进行税款结算，有欠税的，及时补征入库。
8.税务稽查：由市州烟草公司所在地主管地税机关统一组织，查处补交的税款、滞纳金、罚款按收入级次分别入库。特殊情况下，县（市）营销部也可以作为稽查对象，由所在地主管地税机关进行纳税检查，该项检查如涉及市州烟草公司账务事项，必须请求市州烟草公司所在地主管地税机关进行检查。
三、烟叶农业特产税及附加由各营销部向所在地财政机关缴纳。
四、实行上述纳税办法后，在不增加企业原有税负的基础上，市级财政部门要按保既得利益的原则，妥善处理好烟草商业企业组织结构调整后市、县财政之间的税收转移问题，保证烟草商业企业组织结构调整顺利进行。
五、上述组织结构调整后烟草商业企业是指经国家烟草专卖局正式文件批准改制的市、县烟草公司。未实施组织结构调整的县级烟草公司的税款征收管理仍按原规定执行。
