第十二条 创新基金项目实行合同管理、正式立项的项目由创新基金管理办公室与项目承担企业、推荐单位签订合同。
第十三条 创新基金项目资金在合同签订后分两次拨付。采用无偿资助方式支持的项目，立项后拨付70%的资金，项目验收合格后再拨付30%的资金；采用贷款贴息方式支持的项目，立项后按企业有效借款合同及项目执行期内的付息单据核定的应贴息数额拨付80%的资金，项目验收合格后再拨付20%的资金。
第十四条 创新基金管理办公室依据合同金额每年分批编制立项项目用款计划，报自治区财政厅审批。
第十五条 创新基金管理办公室每年根据项目验收情况分批编制二次拨款计划，并报自治区财政厅审核。
第十六条 自治区财政厅对创新基金管理办公室报送的立项项目用款计划和二次拨款计划审核后，按照财政国库管理制度的有关规定办理资金支付手续。
第十七条 列入国家创新基金的项目，在中央财政下达创新基金项目资金指标后，由自治区财政厅按照财政国库管理制度的规定，将资金拨付项目承担企业。
第十八条 无偿资助项目承担企业，在收到创新基金拨款后作为专项应付款处理，其中，形成资产部分转入资本公积、消耗部分予以核销；贷款贴息项目承担企业、在收到创新基金拨款后作冲减当期财务费用处理。
第四章 监督管理与检查
第十九条 地、州、市科技行政管理部门配合做好本地区创新基金项目的日常监督管理和工作；地、州、市财政部门对本地区创新基金的使用进行监督、检查，参与项目的管理工作；创新基金管理办公室负责制订项目监督管理和验收的工作规范、组织实施项目监督管理和验收工作，分析总结项目执行情况；自治区财政厅参与项目验收工作。
第二十条 项目承担企业应按要求定期填报监理信息调查表（半年报、年报）。自治区科技厅可委托地、州、市科技部门对项目执行情况进行检查和监理。创新基金管理办公室根据企业监理信息调查表，地、州、市科技行政管理部门的监理意见，地、州、市财政部门的检查意见，实地检查情况等，提出项目执行情况分析报告，并报送自治区科技厅、财政厅。
