重点建设南通港口综合物流园区，形成企业进驻规模；初步建立较完整的物流企业协作群体和现代物流产业发展政策体系，大力发展物流增值服务，并形成1－2个具有国内知名品牌的现代物流企业；建设相关行业信息管理系统及南通市综合物流信息中心，使南通市物流信息平台投入运行；到2005年第三方物流的市场占有率达到12％左右，物流成本占GDP比重降低到16％以下。
--2006～2010年为加速发展阶段
以物流信息平台和物流基础设施平台为特征的技术保障体系基本完善，支持电子商务及以第三方物流为代表的现代物流企业快速发展，物流经营服务网络在国内外得到延伸，物流产业良性循环，依托南通港的优势，确立长江三角洲北翼区域性现代化物流中心的地位。到2010年第三方物流的市场占有率达到20%的水平，物流成本占GDP的比重降低到14％以下。
--2011～2020年为完善阶段
现代物流的技术保障体系全面完善，现代物流产业得到更高层次的发展，基本实现物流现代化；物流产业成为南通市的重要新兴产业。到2020年第三方物流的市场占有率达到30%以上，物流成本占GDP的比重降低到11％以下。
三、物流基础设施建设规划
物流基础设施规划目标是基本形成水、陆、空配套的集疏运骨架网络，建立与上海及长江三角洲经济腹地便捷的交通联系，构筑港口、公路、铁路、内河水运、航空运输综合配套发展的大交通格局，形成立体式网络型的对外物流大通道。
（一）公路网布局
南通市公路网布局分为三个层次。第一层次：干线骨架网，主要以高速公路为主，功能为省际交通，承担市域范围内的快速对外交通，各主要交通发生、吸引点之间的快速交通，具体线路有：宁启高速公路、盐通高速公路、S203一级公路；第二层次：沿海公路、高速公路的连接线，连接全南通市域重要乡镇、交通枢纽等重要结点的公路，以及现有国省道改建后组成的二级以上公路网，其功能为区际交通，具体线路有：G204、G328、S325、S318、S317、S202、S316、S201、S217、海防公路；第三层次：县乡公路，该等级的公路建设将使公路网有足够的覆盖面，保证公路网的通达度，从而保证其集散能力，一般不作为主要货运通道来考虑。
（二）货运通道网络
南通市物流园区货运通道网络规划主要依靠南通目前已有以及在"十五"期间建设公路网的"四纵四横"干线主骨架：以南通市区为中心，以岔北公路、海防公路、宁通高速公路、G328、S202、S318、S316、S317等为依托，在市区连接重要港区城镇，市域外西接泰州、扬州，南连苏州、上海的"四纵四横"干线公路主骨架。
（三）配送道路体系
南通市配送道路体系由三部分组成：主骨架＋次骨架＋发散型配送支路。主骨架系统：主要由快速路及主干道系统构成，是物流园区向市区的主要配送道路。南通市的配送道路主骨架系统主要包括五纵七横；次骨架系统：主要由城市主干道和次干道系统组成，是连接主骨架与配送支路的道路系统。南通市的配送道路次骨架系统主要包括二纵四横；发散型配送支路：主要由城市支路系统构成。以相关城市交通规划中的设计方案为主。
（四）社区物流配送系统
根据社区的分布格局以及居民物流需求的实际情况，建设规模不大、但服务功能延伸完善的配送中心，以形成社区物流配送系统，服务于商业配送。
各配送中心要与城市快速道路网络相结合；与各物流园区和大型零售商业企业相衔接，合理确定其位置。最终建成一个以公福事业及居民生活需求为支撑，覆盖全市主要社区，与电子商务配送系统充分结合的社区配送系统。
（五）集疏运系统
集疏运系统建设的重点，首先是加快与苏南及上海的联系通道建设，包括苏通大桥及崇启、崇海大桥的建设，其次是沿海、沿江高速公路与铁路建设，再次是通扬、通吕运河与机场设施改造，形成以港口为中心，以高等级公路、铁路、长江航道为骨干，以门到门公路运输为基础，以内河水运为辅助，以航空货运为亮点的综合交通运输体系及适应现代物流发展需求的仓储设施。主要内容包括：
1．过江通道：随着社会经济的持续快速发展，长江两岸的过江交通量也在迅速增长，现有的通沙、通常、海太和崇海汽渡已不能适应经济发展和现代物流的需要，迫切需要建设长江公路大桥。建好苏通、崇启、崇海三座大桥不仅可彻底解决我市与上海、苏南的交通"瓶颈"问题，使我市融入"上海一小时经济圈"，而且对于我国东部沿海地区的社会经济发展以及区域之间的经济交流和合作均具有重要的意义。苏通长江公路大桥北接线起点位于宁启高速公路小海互通立交，接盐通高速公路，大桥南接线终点位于苏（州）嘉（兴）杭（州）高速公路董浜互通立交，接江苏省沿江高速公路，大桥已于2002年底奠基开工，将在2008年建成。崇启公路大桥、崇海公路大桥拟于2004年开工建设，两桥北岸与宁启高速公路连接，南岸与崇明北沿高速公路连接，形成连接上海的直接通道。
