乡村集体经济组织应对本地新型农村合作医疗给予支持。扶持新型农村合作医疗的乡村集体经济组织类型、出资标准由县级人民政府确定，但集体出资部分不得向农民摊派。鼓励企事业单位、社会团体和个人资助农村合作医疗，并享受国家规定的优惠政策。
各级财政要安排专项资金，对新型农村合作医疗给予资助。海安、如皋、如东三个省财政转移支付县（市），省财政通过专项转移支付，对参加新型农村合作医疗农民每人每年补助10元，市财政每人每年补助1元，所在县财政连同市财政补助部分，每人每年补助不低于10元；市财政对通州、海门、启东三市及崇川区、港闸区、市经济技术开发区参加新型农村合作医疗的农民每人每年补助1元，县级财政每人每年补助不低于14元；市财政另对黄桥老区和市划定的经济不发达乡镇，每人每年增补1元。乡镇政府根据财力状况对农村合作医疗给予资助，财政状况较好的地区可适当提高财政资助标准。各级财政要努力增收节支，切实调整财政支出结构，确保所应承担的新型农村合作医疗专项资金及时足额到位。
通过政府投入和社会各界自愿捐助等多渠道筹集资金，以县（市）、区为单位建立独立的救助基金，对农村五保户和贫困家庭给予医疗救助。可以资助其参加以大病统筹为主的新型农村合作医疗，也可以对救助对象大病医疗费用给予一定的补助。
三、建立健全新型农村合作医疗资金管理与监督机制
各县（市）、区要成立由有关部门和参加合作医疗农民代表组成的新型农村合作医疗管理委员会，负责组织、协调、管理和指导工作。委员会下设新型农村合作医疗管理办公室，人员原则上在卫生部门内部调剂，其人员和工作经费列入财政预算，不得从新型农村合作医疗基金中提取。有条件的地方可委托商业保险经办支付业务。合作医疗基金由县（市）、区政府新型农村合作医疗管理委员会及其办公室进行管理，应在管理委员会认定的国有商业银行设立农村合作医疗基金专用帐户，确保基金的安全和完整。县级政府要根据实际参加人数，将财政资助资金及时划入新型农村合作医疗基金专用帐户。市财政根据各地实际参加人数和地方财政资助资金到位情况，划拨专项补助资金。新型农村合作医疗基金要专款专用，不得挤占挪用。
合作医疗基金主要对参加新型农村合作医疗农民的大病医疗费用进行补助。筹资标准较高的地方可实行大额费用支付与小额费用支付相结合，既增强农民抗风险能力，又兼顾农民受益面。对参加新型农村合作医疗、年内没有动用合作医疗资金的人员，有条件的地方可安排一次常规性体检，并为每位参保人员建立健康档案。县（市）、区新型农村合作医疗管理委员会要科学合理地确定农村合作医疗基金的支付范围、支付标准和额度，确定常规性体检的具体体检项目和方式，防止合作医疗基金超支或过多结余。新型农村合作医疗管理办公室要按照规定及时、就便进行结报补偿，不得拖欠、克扣应支付给受偿者的医疗补助费用。
