丽江市深化农村信用社改革的指导思想是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻和落实党的十六大和十六届三中、四中全会精神以及国务院关于深化农村信用社改革的要求，坚持市场化改革取向，以服务农业、农民、农村为宗旨，按照“明晰产权关系，强化约束机制，增强服务功能，国家适当支持，地方政府负责”的总体要求，围绕不断改善农村金融服务，加大金融支农力度这一首要目标，逐步推进和完善管理体制和产权制度改革，促进农村信用社加强内部控制，转换经营机制，真正成为自主经营、自我约束、自我发展和自担风险的市场主体，真正成为服务“三农”的社区性地方金融机构。
丽江市深化农村信用社改革的基本原则：
一是坚持因地制宜、分类指导的原则，探索和完善股份合作制、合作制等产权制度改革，建立与各地经济发展、农村信用社管理水平和资产状况相适应的组织形式。
二是依据市场经济规则，坚持继承和创新的原则，通过明晰产权关系，完善法人治理结构，强化自我发展、自我约束机制。
三是坚持为“三农”服务的原则，改进服务方式，增强服务功能，提高服务水平。
四是按照权责利相结合的原则，充分调动和发挥各方面的积极性，加强配合，明确责任，建立健全风险防范和处置机制。
五是遵循稳定、改革、发展相统一的原则。在稳定中深化改革，在改革中促进发展，在发展中化解风险。
六是坚持农村信用社在改革中的主题地位，紧紧依靠广大干部职工推进改革，使改革成为农村信用社干部职工的自觉行动。
三、改革的总体目标
按照“国家宏观调控、加强管理，省级政府依法管理、落实责任，农村信用社自我约束、自担风险”的要求，建立起农村信用社新的监督管理体制。通过明晰产权关系，落实出资人责任，完善法人治理结构，进一步建立健全内控制度，形成有效防范和化解农村信用社风险的机制，更好地支持“三农”发展。至2008年末，全市农村信用社、农村合作银行的法人机构数控制在7个以内，各项存款余额突破20亿元，各项贷款达到17.5亿元以上；不良贷款率降至10%以下；资本充足率：农村合作银行达到8%以上，实行县级统一法人体制的农村信用社达到4%以上，维持现行两级法人体制的农村信用社达到2%以上。农村合作银行和县级统一法人的农村信用社全部实现盈利，全市盈亏相抵盈利500万元以上。
