--集装箱运输：加快建设连云港港、太仓港10万吨级远洋集装箱码头泊位，积极推进南京港、镇江港、南通港5万吨级集装箱码头建设，相应发展沿江沿海及内河集装箱喂给港。
　　--进口铁矿石运输：加快建设连云港港东港区25万吨级铁矿石接卸码头。结合长江口航道整治工程，分别建设南通港狼山港区和太仓港15－20万吨级减载海进江中转码头。南京港、镇江港扩建和新建5－10万吨级专业化中转码头。适度扩建沿江钢厂自用矿石接卸码头。
　　--进口原油运输：发挥南京港现有原油码头江海中转功能。积极推进连云港港30万吨级原油码头建设，加快建设南通港洋口港区液化天然气码头工程。
　　--煤炭运输：发挥南京港、徐州港煤炭铁水中转和连云港港煤炭铁海中转功能，相应建设电厂专用卸煤泊位，适度发展公用煤炭中转基地。
　　（四）加快航道建设。“十一五”期间，集中力量建设航道畅通、干支直达、区域成网的江海河联运航道体系。重点围绕沿海港口进港航道、长江深水航道、京杭运河和苏南干线航道网，加快推进航道建设。
　　加快沿江沿海港口深水航道建设。积极配合国家实施长江口深水航道治理三期工程和向上游延伸工程，做好12.5米深水航道延伸至南京工程各项准备，积极创造条件，争取早日开工建设。在全面建成连云港港15万吨级航道扩建工程的基础上，抓紧开展30万吨级进港航道前期研究，争取早日开工建设。推进灌河口、射阳河口、洋口港区深水航道建设。
　　加快内河航道建设。“十一五”期间，内河航道建设投资约150亿元，整治内河航道650公里，新建船闸10座。京杭运河苏北段完成二级航道整治和5座三线船闸工程建设，苏南段推进“四改三”建设，完成常州市区段改线工程；苏南干线航道网加快建设芜申线、锡溧漕河、申张线航道，开工建设锡澄运河、丹金溧漕河、苏申内港线等航道整治工程；通榆河北延工程开工建设，建成盐灌船闸和焦港船闸，连申线全程通航。做好京杭运河宿迁市区段改线和徐宿连运河前期研究工作。
　　（五）推动航运业发展。推进内河船型标准化工程，着力提升航运服务水平。到2010年，率先实现长江、京杭运河船型标准化，干线航道船型标准化率达80%。加大外挂船舶整治力度，促进外挂船舶回流。适应市场需求，加快内河和海运运力结构调整步伐，大力发展集装箱、滚装、成品油、液化气等专业化船舶运输。大力发展国际远洋运输，积极扶持和培育海运业发展，提高海运市场国际化水平。加快水运企业转型升级，促进航运业规模化、集约化经营，到2010年，沿海、远洋运力总量比2005年增加50%以上。

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