第四十条 违反本办法第二十三条规定的，由县级以上人民政府农业、林业行政主管部门责令改正，可处2000元以上3万元以下的罚款。
第四十一条 违反本办法第二十六条第（一）项、第（二）项规定，应当备案而未备案的，由县级以上人民政府农业、林业行政主管部门责令改正，可处200元以上3000元以下的罚款。
第四十二条 违反本办法第二十七条规定，销售种子的标签没有按照本办法规定进行标注，或者使用说明的内容与销售的种子不相符合的，由县级以上人民政府农业、林业行政主管部门或者工商行政管理机关责令改正，可处1000元以上1万元以下的罚款。
第四十三条 对违反本办法第三十三条规定的行为，县级以上人民政府农业、林业行政主管部门按照下列规定处理：
（一）种子经营者对有明显缺陷的种子应当召回而未召回的，责令其限期召回，可处2000元以上5万元以下的罚款；
（二）监督检查时发现有明显缺陷的种子，责令其限期召回而未召回的，可处1万元以上5万元以下的罚款。
第四十四条 强迫种子使用者违背自己的意愿购买、使用种子给使用者造成损失的，应当承担赔偿责任。
第四十五条 县级以上人民政府农业、林业行政主管部门、种子管理机构以及工作人员有下列行为之一的，由行政机关按照管理权限对直接负责的主管人员以及其他直接责任人员，给予行政或者纪律处分：
（一）擅自动用贮备种子的；
（二）违反规定的条件、程序、权限核发种子生产、经营许可证的；
（三）参与或者从事种子生产、经营活动的；
（四）发现引种的主要农作物品种和主要林木良种不适宜在本省种植而不及时决定停止推广的；
（五）贮备种子管理不善，造成损失的；
（六）违反本办法规定不受理非主要农作物和非主要林木种子生产许可证申请的；
（七）违反规定向被检验者收取费用的；
（八）其他玩忽职守、徇私舞弊、滥用职权的行为。
第四十六条 违反本办法规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
