市港口局负责内河港区中的苏州河、龙华港、虬江范围内的码头以及各内河港区的危险货物、集装箱、客运码头；除此之外的内河码头依照行政区域范围，由各区县港口行政管理部门负责。
三、实施“规范内河码头经营许可”工作的建议方案
㈠各区县港口行政管理部门在加快推进内河码头规划制订的同时，对老码头进行进一步的调查梳理，并根据编制中的内河港区规划原则和范畴进行基本分类（分类标准见下文）。
㈡将内河码头划分为五类六种，实施规范经营许可工作的对应措施分别为：
⑴对原已取得港口经营许可证的码头（Ⅰ类），予以认可。对Ⅰ类码头中，因历史原因未正式申领过岸线使用证的，由区县港口行政管理部门要求其向市港口局补办申领手续。规划正式出台后，Ⅰ类码头中不符合规划要求的，由各区县按规划逐步调整。
⑵对基本符合规划要求，码头设施、技术条件和经营管理较好，但未申领许可证的码头（Ⅱ类），由经营单位提出申请后进行评估。通过评估后，由区县港口行政管理部门核发港口经营许可证（暂定），暂定期限为一年。规划正式出台后，换领港口经营许可证。
⑶对基本符合规划要求，但各方面条件较差，不符合核发许可证要求的码头（Ⅲ类），由各区县港口行政管理部门要求其限期整改，并备案登记，纳入重点监管范围。对整改后仍不达标的，予以取缔；对整改后通过评估达标的，由区县港口行政管理部门核发港口经营许可证（暂定），暂定期为一年。规划正式出台后，换领港口经营许可证。
⑷对不符合规划要求，码头检查设施、技术条件和经营管理较好，但未申领许可证的码头（Ⅳ类），由经营单位提出申请后进行评估。通过评估后，由区县港口行政管理部门核发港口经营许可证（暂定），暂定期限为一年。规划正式出台后，按规划逐步调整。
⑸对不符合规划要求，各方面条件又差的码头（Ⅴ类），分两种情况处理：对长期无人经营、安全隐患较大、关闭后对地区水运市场影响不大的码头（Ⅴ类一种），予以关闭取缔。对短期内关闭确有困难的码头（Ⅴ类二种），要求其限期整改，并备案登记，重点监管。对整改后仍不达标的，予以关闭取缔；对整改后通过评估达标的，由区县港口行政管理部门核发港口经营许可证（暂定），暂定期限为一年。规划正式出台后，按规划逐步调整。
