行政单位缴纳的“两金”，仍按国务院和财政部现行征集办法执行。
事业单位缴纳的“两金”按财政部（92）财文字第458号文件的办理规定：
（一）经财政部门核定纳入单位预算管理，用于抵补事业支出的收入，免征能源交通重点建设基金和预算调节基金。财政部门或主管部门根据财政部门核准的总额分解到单位的核准证明（或预算、决算批复文件）抄送当地税务部门备查。单位收入年终实际数大于或小于年初核定数时，作为调整预算处理。
（二）全额预算管理单位的年终预算包干结余，免征“两金”。
（三）差额预算管理单位和自收自支管理单位提取的医疗基金、修购（折旧）基金，从年终收支结余提取的事业发展基金、后备基金和补充的周转（流动）资金，以及上交主管部门用于抵补事业费的收入，作为抵顶预算拨款，免征“两金”；提取的职工福利基金、职工奖励基金，照章交纳“两金”。
三、从严控制减免，严格各种越权减免行为
为了保证“两金”收入及时足额上交，各级财政、税务部门要按照国务院和财政部文件规定的减免范围和项目，从严掌握和执行，不得超越权限擅自批准或口头同意减征、免征或缓征应上缴的“两金”。各级地方财政、税务部门未经国务院和财政部批准，自行制定的“两金”减免规定要及时纠正，并恢复征收。今年内国家不再出台新的减免“两金”的政策，对临时性、困难性的减免，今年也一律停止审批。各地方因擅自减免而未完成“两金”上缴任务的，中央财政要相应扣减地方“两金”分成收入。
四、采取切实措施加强“两金”征收管理
所有缴纳单位和个人除国家另有规定外，都必须照章缴纳“两金”，国营企事业单位、集体企业以及个体工商户都应按照有关规定，主动登记，申报及时、足额地缴纳“两金”。凡有漏交的要主动申报，欠交的做出补交计划并报当地税务部门，由当地税务部门督促入库。任何单位不得截留、挪用、挤占国家“两金”收入。按规定应缴纳“两金”的单位和个人，应当按照国家有关规定在缴纳税款的同时，缴纳“两金”。各级银行应按规定保证“两金”及时足额划解入库，不得占用。各级财政、税务部门要利用各种宣传工具，大力宣传“两金”征收政策，提高缴纳人的缴纳观念和自觉性。财政、税务部门要加强征管力量，做好培训工作，改进征管手段。
