对购销合同、销货运输方式、资金结算、回笼、货物出库等情况进行检查核实，落实有无虚构业务虚开增值税专用发票，有无帐外经营不申报纳税等问题，有无发出货物符合实现销售收入条件但不做销售等问题，如运费单据、航空运输凭证等显示货物已被对方接收，但不做销售收入的问题；预收货款长期挂帐不做销售等问题。
8.综合核查
开展专项整治工作中，还要注意将存货变动核查与现金、银行存款变动以及与应付账款变动核查三种核查方法关联起来综合分析核查，核查其是否存在虚增收购金额、虚抵税款而无需付款的现象。
9.征收方式核查
核查主管税务机关是否按照规定程序开展了征收方式鉴定，文书使用是否规范、完整，鉴定结果是否与企业的实际情况相符。
10.全年零税企业的核查逐户核查纳税人2005年全年零税申报的原因，是否存在隐瞒销售收入、账外经营、返利不入账等问题。特别是年应纳税额为0，年应税销售额、期末留抵税额不为0的商贸企业，要作为本次核查的重点。另外，对免税企业兼营的应税货物是否存在未按规定申报纳税的行为。
四、实施步骤
（一）摸底排查。8月10日前结束。通过排查，澄清农产品抵扣企业税源户数，摸清税源结构。针对不同的农产品经销、加工企业，调查其生产经营状况，摸清行业经营规律，税务机关结合日常管理中掌握情况，对不同行业的农产品抵扣企业的销售额、进项税额、应纳税额等情况进行统计、测算，筛选出税负异常、进项抵扣异常、收购价格异常等企业，确定重点自查对象、重点评估对象和直接转入稽查环节的纳税人。
（二）企业自查。8月31日前结束。对确定的重点自查对象，税务机关要以召开座谈会、纳税辅导的形式向纳税人宣讲税收政策，帮助企业开展自查自纠。企业自查结束后，要填报《农产品抵扣企业专项整治纳税人自查表》，9月5日前报送主管税务机关。
（三）纳税评估。9月30日前结束。在企业自查自纠的基础上，对确定的重点评估对象，税务机关结合当地实际，有针对性地筛选不同类别企业开展纳税评估。在评估过程中，要运用行业评估数学模型、行业平均税负及农产品收购业务增值税管理系统采集的信息，对纳税人进行案头分析，测算企业的销售量、销售收入、收购数量等，对发现的疑点，要深入企业开展约谈和实地调查，对其收购、生产、销售及库存等各个环节信息进行分析比对，核实其纳税申报的真实性。
（四）税务稽查。10月31日前结束。税务机关在排查中发现有重大偷税嫌疑、虚开发票、虚抵税款等行为的；或者企业明显存在问题但又拒不进行自查的；或者在实施纳税评估中发现有重大税务违法行为需要移交稽查的，应按规定及时移交稽查部门。稽查部门通过筛选、整理、分析，认为需要稽查的，也要确定为重点对象开展税务稽查。
