苹果小吉丁虫防治工作从2003年9月--2008年9月分三个阶段进行：
第一阶段2003年9月--2005年3月调查不同海拔高度苹果小吉丁虫生活史，进行防治实验，辅之综合防治。
新源、巩留县组织专业人员按不同海拔设调查点，进行定点监测。新源、巩留、特克斯、尼勒克县在栽培苹果园中设立固定调查点，确定人员详细调查苹果小吉丁虫的生物学特性。野生苹果林设3个固定监测点，栽培果园中各设1个固定监测点，每个监测点设3--5块固定标准地，每块标准地的林木株数应不少于10--15株。每个点设2名监测人员。虫情调查每年进行3次，春季越冬虫态开始活动期，成虫期和秋冬前进行。认真做好记录和监测卡片，详细调查苹果小吉丁虫的生物学特征，发生范围、危害程度等。根据苹果小吉丁虫生物学特性开展趋光、趋色、趋味性和打孔注药、刮皮涂干、根部埋药的实验。
第二阶段2005年4月--2008年6月在实验的基础上选最佳防治方法，在重灾区内按照统一时间、统一方法、统一措施进行以化学防治为主，兼用人工、生物防治，同时做好跟踪调查、监测工作，及时调查防治成效、达到降低虫口密度、压缩发生范围和有虫不成灾的目的。
第三阶段2008年6月--9月，检查验收。由州林业局、农业局、畜牧局、环保局组织人员检查验收。
二、突出重点，划区治理
根据苹果小吉丁虫的发生情况和采取的技术措施将治理区划为一般治理区和重点治理区。
一般治理区：即尚未发现苹果小吉丁虫危害的霍城、察县、昭苏、伊宁县、伊宁市、奎屯市为一般治理区，主要是加强苹果小吉丁虫的监测和检疫工作，防治苹果小吉丁虫的传入。
重点治理区：是指已经发现苹果小吉丁虫危害的新源、巩留、特克斯、尼勒克县为重点治理区。根据苹果小吉丁虫危害程度、发生范围又划分为轻灾区和重灾区：
（一）重灾区：巩留县莫合尔乡、吉里格郎乡；新源县阿勒玛勒乡、肖尔布拉克镇、哈拉布拉乡；特克斯县哈拉达拉牧场为重灾区。采取营林措施为主，突出化学防治，兼用生物防治，由外向内，即从栽培果园向野生苹果进行地毯式防治，逐年降低虫口密度，压缩发生面积。
（二）轻灾区：新源县、巩留县、尼勒克县、特克斯县除重灾区以外的其他乡镇为轻灾区。主要采取以营林措施为主，生物防治、物理机械防治为辅的方法进行，设立隔离带，防止苹果小吉丁虫的蔓延。
三、科学防治，综合治理
