（二）科学制定方案。拟申请试点县市要在做好基线调查的基础上，按照以大额医疗费用补助为主，兼顾受益面的原则制定试点方案，要坚持“以收定支，量入为出，逐步调整，保障适度”的原则，合理科学测算住院医药费用起付线、封顶线及补偿比例，并根据实际情况及时调整，防止基金透支和基金沉淀现象。
（三）完成乡镇卫生院上划管理工作。申报新型农牧区合作医疗试点县市在1个月内彻底完成上划管理工作，实行全额事业单位工资制，解决好防疫妇幼专干及乡村医生报酬等问题。
（四）加强“两个能力”建设。不断加强新型农牧区合作医疗管理能力和农牧区医疗卫生服务能力，确保新型农牧区合作医疗工作持续、健康稳步发展。要加强对乡镇卫生院管理人员、临床诊治医生和乡村医生的培训工作，进一步提高乡镇卫生院服务能力，加强乡镇卫生院基础设施、基本设备建设，争取项目，多渠道筹资，改善农牧民就医条件，才能做到为参合农牧民提供质优价廉的医疗服务。
（五）落实“新农合”补助经费、工作经费和启动经费。各级财政要提高认识，调整财政支出结构，积极安排落实“新农合”补助经费、工作经费，并保证启动经费的足额拨付到位。资金的管理严格按照“钱帐分离、管用分开、基金封闭式运行”的原则来管理，设立基金专用账户，所有资金全部进入代理银行基金专户存储、管理。
（六）规范医药行为，加强对合作医疗定点机构的监管。各级卫生行政部门要加强对合作医疗定点机构的监管，严格执行合作医疗用药目录和检查目录，杜绝大处方，滥检查，严格实行药品集中招标采购，最大限度地降低医药费用价格，各县市要结合本地实际，通过试点，探索各种有效办法，严格控制医药费用的不合理增长，减轻农牧民的医药费用负担。充分利用传统医药的优势资源，满足广大农牧民看病就医的需要。
四、未申报新型农牧区合作医疗试点的县市也应提高对“新农合”制度的认识，高度关注农牧区卫生工作。年内必须完成乡镇卫生院上划县级卫生行政部门管理和基线调查工作，逐步开展宣传新型合作医疗制度的政策，增强农牧民互助共济意识，按新政办发[2005]43号文的要求标准积极准备，创造条件，力争早日实行新型农牧民合作医疗制度。
五、加强对新型农牧区合作医疗工作的领导和监督检查。各级卫生行政部门要加强对“新农合”工作的领导，关注试点工作的运行情况，积极研究和解决工作中的困难和问题。州、县市卫生行政部门的合管办要配备懂业务、善管理的人员，做好这项关系农牧民切身利益的工作。州合作医疗专家技术指导组要发挥作用，做好监督、指导、评估等工作。申请新增新型农牧区合作医疗试点县的五个县市，按照评审标准尽快完成整改和重新申报工作，州政府将组织卫生、财政、民政等有关部门和专家对申请县市进行评审，对合格的县市将上报自治区卫生厅，再次进行评审。
