纳税人的税控器具发生丢失（被盗）等情况的，应在24小时内持已开具未报数的发票存根联和剩余的空白发票以及税务登记证副本原件及复印件到主管税务机关，填报《税控器具丢失（被盗）报告》。税务机关应及时进行核实并按规定进行处罚。
（一）丢失（被盗）税控器具登记
主管税务机关首先应根据《税控器具丢失（被盗）报告》中提供的信息，查询到注册纳税人登记信息，核实无误后，对计算机和税控器具丢失（被盗）、损毁情况予以记录备案。然后将该纳税人未打印的发票号段信息做手工退票处理，对已开具未报数的发票存根联进行补录。对于发票失控的情况要进行黑名单登记。主管税务机关将审批通过的《税控器具丢失（被盗）报告》和税务登记证副本的复印件交税控服务商，由税控安全管理部门办理相关事宜。
（二）补办税控器具
对于税控器具全部丢失或被盗后，经主管税务机关按照规定程序处理后，如纳税人需要重新购买并符合条件的，重新填写《公路内河货运业自开票纳税人注册登记表》，并按照纳税人注册登记管理工作流程办理。
三、税控器具毁损管理
对于税控器具不能正常开具发票的，应由纳税人通过一级自检程序进行检测。属于税控器具问题的，纳税人持税控器具和上次报数后开具的发票存根联以及剩余的空白发票，到主管税务机关填写《税控器具损毁及发票使用情况登记表》。
主管税务机关对税控器具进行二级检测。对于可修复的税控器具，税务机关将《税控器具损毁及发票使用情况登记表》及税控器具交税控代理服务商进行修复；对于不可修复的税控器具，税务机关应将该纳税人剩余的空白发票号段做手工退票处理，对于纳税人已开具尚未报数的发票数据，税务机关凭纳税人的存根联在“公路内河货物运输发票税控系统”的“存根联补录”中进行发票数据的补录，同时将《税控器具损毁及发票使用情况登记表》和税控器具通过税控服务商交税控安全管理部门进行更换。税控代理服务商将更换后的税控器具交纳税人，持《税控器具损毁及发票使用情况登记表》及更换后的税控器具到税务机关进行剩余发票号段的写盘处理。
四、税控器具流失管理
因纳税人失踪造成税控器具和发票流失的，税务机关应根据注册登记信息核实、记录该税控器具信息以及流失时间，同时填写《税控器具流失登记表》，并录入到“公路内河货物运输发票税控系统”。
