第六十二条 对于总局、省局下派或与公安部门联合发文下派的专项案件协查，市局稽查局应按照具体要求和时限以文件形式上报，不得延误。同时根据基层局提交的《案件协查报告》及《税务违法案件协查情况表》，对案件协查结果进行综合汇总分析。
对于市局下派的专项案件协查，各基层局应按照通知具体要求和时限完成，并上报《案件协查报告》及《税务违法案件协查情况表》。
对于通知要求对被查企业同时进行全面税务检查的各类专项案件协查，案件协查检查岗位要按照具体要求和时限在对企业进行全面税务检查结束后，报送《涉案企业全面税务检查结果汇总表》。
第六十三条 各基层局案件协查综合管理岗位应当在每季度终了后5日内向市局稽查局报送《纸质函件及其他协查统计季（年）度报表》和《涉案企业全面税务检查结果汇总表》。
第七章 文书管理
第六十四条 案件协查工作各类资料的档案管理工作由案件协查综合管理岗位负责。
第六十五条 案件协查委托管理岗位、案件协查受托管理岗位应在协查任务结束后，将与本岗位工作相关的表证单书打印输出，并将形成的各类协查函件、文书资料和证据资料（包括电子文档）等，在30日内进行整理归档。
案件协查监控管理岗位或案件协查综合管理岗位应当将本岗位形成的各类报表、动态分析报告、总结和通报（包括电子文档）等，在正式上报或下发后10日内进行整理归档。
第六十六条 金税协查归档资料包括：
（一）金税委托协查需归档的资料
1.认证系统转入金税协查的归档资料：增值税专用发票复印件（要求字迹清晰）、《认证结果通知书》、软盘数据、《增值税专用发票协查函》、《增值税专用发票协查回复函》、《增值税专用发票清单》、《增值税专用发票明细清单》、《增值税专用发票调查结果清单》、《防伪税控认证不符和密文有误增值税专用发票协查结果通知单》、《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》、完税凭证复印件（要求字迹清晰）等；
2.内部生成金税协查的归档资料：增值税专用发票复印件（要求字迹清晰）、《增值税专用发票协查函》、《已证实虚开的增值税专用发票通知单》、《增值税专用发票协查表》、《增值税专用发票清单》、《增值税专用发票明细清单》、《增值税专用发票协查回复函》、《增值税专用发票调查结果清单》、《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》、完税凭证复印件（要求字迹清晰）等。
（二）金税受托协查需归档的资料
《已证实虚开的增值税专用发票通知单》、《增值税专用发票协查函》、《协查处理单》、《协查表》、《增值税专用发票清单》、《增值税专用发票明细清单》、《增值税专用发票协查回复函》、《企业及增值税专用发票信息查询及结果证明单》、《企业信息查询及结果证明单》、《税务检查通知书》、增值税专用发票复印件（要求字迹清晰）、《税务协查报告》、《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》、完税凭证复印件（要求字迹清晰）等。
（三）上报的金税协查统计表、《金税协查动态分析报告》、总结和通报（包括电子文档）等有关资料。
