第四十二条 对于在查办期限内未调查完毕的金税协查案件，案件协查检查岗位应当在返回案件协查受托管理岗位初查结果后继续查办，并根据市局稽查局规定的期限完成调查工作。
第四十三条 对于金税协查中发现的其他案件线索，各级稽查局应当另案处理，进行延伸稽查。
第四十四条 金税受托协查调查结束后，案件协查检查岗位应当填写《协查表》，制作《税务协查报告》，连同《协查处理单》、《增值税专用发票明细清单》及取证材料提交主管局长审批。审批后，移交给案件协查受托管理岗位。
第四十五条 金税协查案件审结后，各级稽查局实施或审理部门应当将《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》和完税凭证复印件（要求字迹清晰）提供给案件协查受托管理岗位。
第五章 纸质函件及其他协查工作管理
第四十六条 市局级纸质函件受托协查的来源主要有总局、省局交办、异地函件、同级地税部门移交的《协查函》、其他部门转办的协查函等。
第四十七条 市局级案件协查综合管理岗位在接到受托纸质函件后，应在1个工作日内确定对应的基层局，并报经市局级案件协查领导岗位审批核准后，在1个工作日内下派基层局并登记《纸质函件协查工作管理台帐》。
第四十八条 基层局案件协查综合管理岗位在收到纸质协查函件后，登记《纸质函件协查工作管理台帐》，在1个工作日内报本局案件协查领导岗位，审批核准后在1个工作日内将案件下派案件协查检查岗位进行检查。各基层局要在自收到纸质协查函件起15日内（对于失控发票等不能确定完成时限的案件协查任务，按照随时发现随时反馈的原则）完成全部案件协查任务，将案件协查结果登记《纸质函件协查工作管理台帐》，并按来函相关要求回复发函单位，同时向市局稽查局报送《案件协查报告》和《税务违法案件协查情况表》。市局级案件协查综合管理岗位在1个工作日内将收到的纸质函件协查结果登记《纸质函件协查工作管理台帐》。
第四十九条 涉及外地税务机关来人协查的案件要确定对方的身份，验看协查人员的工作证件及单位介绍信等证明资料并留存原件或复印件，由案件协查综合管理岗位登记《其他协查工作管理台帐》。
第五十条 市局级案件协查综合管理岗位受理的接待来人协查案件，应在1个工作日内确定对应的基层局，并报经市局级案件协查领导岗位审批核准后，在1个工作日内下派基层局。基层局案件协查综合管理岗位在报经案件协查领导岗位同意后，应立即安排案件协查检查岗位配合具体实施协查检查，并将协查结果反馈市局稽查局。市局级案件协查综合管理岗位在1个工作日内将收到的接待来人协查案件结果登记《其他协查工作管理台帐》。
第五十一条 纸质函件协查，应按照《协查函》中的协查要求和回复时限办理。
第五十二条 因特殊情况确实不能按期回复纸质函件协查案件协查结果的，受托协查单位应于期满前5天填写《案件协查延期审批表》上报市局稽查局审批，同时按纸质协查函件中的联络方式与发函方取得联系，说明原因。
