第三十三条 案件协查检查岗位人员对有关企业和个人依法进行调查时应当出示金税协查专用的《税务检查通知书》。
第三十四条 对金税受托协查增值税专用发票，应当重点检查以下内容：
（一）是否有涉票企业，该企业是否领购（取得）了需要协查的增值税专用发票；
（二）增值税专用发票的真伪，以及是否为废票或者丢失被盗增值税专用发票；
（三）增值税专用发票各联次票面填开的项目内容是否一致；
（四）是否申报纳税（抵扣）税款；
（五）购（销）货物或者应税劳务交易是否真实，查证供货企业出口货物是否自产；
（六）票款结算是否相符，货票款是否一致；
（七）其他需检查的内容。
第三十五条 对于认证系统和稽核系统发现的涉嫌违规增值税专用发票，案件协查检查岗位应严格按照《国家税务总局关于金税工程发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》要求执行。如遇特殊情况，及时上报市局稽查局。
第三十六条 案件协查检查岗位在调查过程中，发现被查企业已经办理注销或已被列为非正常户的，由企业所属征收管理分局或郊县（市）局负责出具《企业及增值税专用发票信息查询及结果证明单》。
第三十七条 案件协查检查岗位在调查过程中，发现被查企业属于“查无此户”的，经企业所属税务登记部门核实后，由企业所属征收管理分局或郊县（市）局负责出具《企业信息查询及结果证明单》。
第三十八条 对于金税协查结果为“查无此票”，受托方被查企业为销货方时，经企业所属征收管理分局或郊县（市）局发票管理部门核实后，出具《企业及增值税专用发票信息查询结果证明单》；受托方被查企业为购货方时，由企业所属稽查部门出具调查证明材料。
第三十九条 对于要求各级稽查局以外的税务机关相关部门配合核实、出具证明材料的，相关部门应当在5日内返回核实结果并出具证明材料。
第四十条 案件协查检查岗位应当根据金税协查调查结果，选择适用的“金税协查结果类型”。金税协查结果类型的定义如下：
“正常”指经协查纳税人涉及协查发票的交易业务正常及正常开具获取的该发票；
“虚开”指经协查按国家有关法律、法规确定为虚开的发票；
“查无此户”指经协查本辖区内没有该纳税人登记信息且无法查找到该纳税户；
“查无此票”指经协查本辖区内未发现协查信息提供的发票，即协查信息提供的纳税人未领购过此号码发票且税务机关未发售过此号码发票；
“假票废票”指经协查确定为假发票或已作废发票，购货方不许抵扣；
“其他”指协查结果除上述情况以外的发票。
第四十一条 对于受托收到的“有疑问”类型金税协查，案件协查检查岗位应当在10个工作日内调查完毕；对于受托收到的“已证实虚开”类型金税协查，案件协查检查岗位应当在20个工作日内调查完毕。
