稽查局案件协查委托管理岗位在协查系统中接收到审核检查回复结果后，应于3个工作日将结果打印出来通知抵扣方所在地主管国税机关征管部门案件协查委托管理岗位接收，同时填写《专票及凭证审核检查移交单》做好移交签收工作，并填写《金税协查系统内部生成委托协查处理台账》。由征管部门判断专票经过审核检查后属于哪一类问题，如属于第一、二类问题，由征管部门负责处理；如属于第三类问题，征管部门不对企业进行处理，负责在1个工作日内将属于第三类问题的专票填列《专票及凭证审核检查移交清单》（附表4），经征管部门负责人签字审批同意后，连同有关资料移交给对应稽查局，由稽查局立案检查。同时，征管部门案件协查委托管理岗位填写《专票及凭证审核检查委托台账》，稽查局案件协查受托管理岗位还应将征管部门返回结果录入到稽核系统转入的比对发现异常专票受托协查中并予以回复。
（三）各基层稽查局从金税协查系统中接收到抵扣方所在地主管国税机关发来的内部生成“稽核系统转入需管理部门审核发票”专票信息后，案件协查受托管理岗位应当在1个工作日内进行受托协查信息登记并提交案件协查领导岗位审批。案件协查领导岗位应当在1个工作日内完成审批。案件协查受托管理岗位在1个工作日内填写《金税协查系统受托协查处理台账》，在金税协查系统中打印出《增值税专用发票协查函》、《增值税专用发票清单》、《增值税专用发票明细清单》、《协查处理单》、《协查表》和相关附加资料，通知相关征管部门案件协查受托管理岗位接收并继续审核检查，同时填写《专票及凭证审核检查移交单》做好移交签收工作。征管部门案件协查受托管理岗位应在接收专票审核检查任务后1个工作日内填写《专票及凭证审核检查受托台账》并下派案件协查检查岗位进行审核检查，检查岗位应在10个工作日内完成审核检查工作。征管部门案件协查受托管理岗位应在案件协查检查岗位检查完毕后1个工作日内将审核检查结果返回对应稽查局案件协查受托管理岗位，并填写《专票及凭证审核检查移交单》做好移交签收工作，同时填写《专票及凭证审核检查受托台账》。稽查局案件协查受托管理岗位收到征管部门转来的结果后，填写《金税协查系统受托协查处理台账》，并于1个工作日内将结果录入到金税协查系统中提交案件协查领导岗位审批。案件协查领导岗位应当在1个工作日内完成审批。案件协查受托管理岗位应当在领导审批后1个工作日内将结果提交金税协查网络。
三、关于凭证的审核检查流程
（一）凭证的抵扣方所在地主管国税机关征管部门在对凭证进行审核检查后，认为需要再由开票方所在地税务机关审核检查的，由征管部门案件协查委托管理岗位填写《其它抵扣凭证异地审核检查函》（附表5），明确说明需要寄送的对方单位名称（海关完税凭证审核检查需寄送给入库地主管国税机关稽查局，废旧物资发票和税务机关为小规模纳税人代开增值税专用发票的审核检查需寄送给开票方所在地主管国税机关稽查局，货物运输业发票审核检查需寄送给开票方所在地主管地税机关稽查局），本部门审核检查工作联系人及联系电话，由征管部门负责人审批同意后，加盖部门公章，填写《专票及凭证审核检查移交单》，连同纸质凭证复印件等相关资料送交对应稽查局做好移交签收工作，同时填写《专票及凭证审核检查委托台账》。稽查局案件协查委托管理岗位接收征管部门移交资料后3个工作日内填写完整，加盖稽查局公章后寄送给开票方所在地税务机关稽查局，同时填写《其它抵扣凭证异地审核检查委托台账》（附表6）。
（二）凭证的抵扣方所在地主管国税机关稽查局在接到开票方所在地税务机关审核检查结果后3个工作日内，案件协查委托管理岗位应通知相关征管部门案件协查委托管理岗位接收，同时填写《专票及凭证审核检查移交单》做好移交签收工作，并填写《其它抵扣凭证异地审核检查委托台账》。征管部门判断凭证属于哪一类问题，如属于第一、二类问题，由征管部门负责处理；如属于第三类问题，征管部门不对企业进行处理，负责在1个工作日内将属于第三类问题的凭证填列《专票及凭证审核检查移交清单》，经征管部门负责人签字审批同意后，连同有关资料移交给对应稽查局，由稽查局立案检查。征管部门案件协查委托管理岗位同时填写《专票及凭证审核检查委托台账》。
