由办公室负责组织省内外医药行业专家和有关职能管理部门分别对项目进行专家评审和部门评审，并提出评价意见。项目承担单位应在评审会召开前10日向办公室报送项目评审资料一式20份，必要时可请项目承担单位进行现场答辩。
办公室综合专家和部门评价意见，对项目评分情况进行综合汇总，研究提出项目资助初步方案，由杭州市医药产业发展资金管理领导小组审定项目资助资金计划，并由市职能部门填制《杭州市级财政资金支出审批表》，上报市政府审批。
3、资金拨付。经市政府批准后，由市经委、市财政局联合行文下达杭州医药产业发展资金项目资助经费计划。办公室与项目承担单位签订《杭州医药产业发展资金项目合同书》。
市财政安排的资助资金由市财政直接拨付给企业，区和国家级开发区安排的配套资助资金应在市资助资金下达后一个月内由区财政拨付给企业。企业收到所拨资金后，先计入“专项应付款”科目单独核算反映，待项目完成后，由财政部门对项目实际完成投资额和财政资助额进行审核确认，并视今后企业对地方政府贡献情况再行结算和处理。其中，属形成固定资产价值部分计入“资本公积－国家独享资本公积金”，属于核销部分冲销“专项应付款”。
三、医药专业孵化器资助
对孵化面积达到1000平方米、累计孵化企业10家、累计孵化项目10个、毕业企业2家以上的医药企业孵化器，一次性资助50万元，用于改善其孵化条件。医药专业孵化器建设达到上述标准后，由企业向办公室提出申请，经杭州市医药产业发展资金管理领导小组审定，并报市政府批准后由市财政拨付资助资金。其他事项参照医药产业发展项目管理要求执行。
四、“新药港”建设奖励
（一）奖励项目
1、对研制、引进和开发的新药（包括医疗器械）项目已获得新药证书和生产批文（医疗器械注册证），并在杭州市内实施产业化生产中取得成绩的企业给予奖励。其中拥有完全自主知识产权并获得国家发明专利授权的创新治疗药物奖励30万元；国外已有同类药物上市，企业通过结构修饰或工艺创新并获得国家专利授权的治疗药物奖励10万元；其他新药开发项目（包括国内首家上市的仿制治疗药物和医疗器械）奖励1－5万元。
2、对支持医药产业发展，单个项目累计风险投资额在500万元以上，稳定运作时间超过一年的风险投资公司给予奖励，奖励额为投资总额的0.5%－1%，单项最高奖励10万元。
