由项目承担单位填写《杭州市医药产业发展项目资金申请表》，并随附《杭州市医药产业发展项目完成投资财务清单》、各区、县（市）财政局对项目截至上一年度末实际投资额的审核确认意见或会计事务所出具的项目审计报告，经企业主管部门或企业所在地经发局（经贸局、发改经济局）、财政局审核并签署意见后，一式2份分别报市经委、市财政局复审；通过复审的项目报市新药港建设领导小组审定，列入预算。同时，由市经委与项目承担单位签订《杭州市医药产业发展项目合同书》。
2.资助标准。
（1）医药新产品、新工艺、新技术等研究开发项目：重点项目按项目总投资额的20%给予资助，一般项目按项目总投资额的12%给予资助。
（2）医药高新技术成果产业化项目：重点项目按项目总投资额的10%给予资助，一般项目按项目总投资额的6%给予资助。
（3）经市政府专项批准的重大项目，其资助的资金额度和方式由市新药港建设领导小组研究确定。
（4）市级企业的资助项目按资助标准由市财政全额拨付。区级企业（不含萧山区、余杭区）的项目，按财政体制分成比例，市财政给予市级企业资助标准的25%安排资助；萧山、余杭区及5县（市）企业项目，市财政按市级企业资助标准的12.5%给予资助。各区、县（市）必须按照规定比例安排配套资助资金。
3.资金拨付：列入预算的项目，计划投资额在150万元（含）以下的研究开发项目，先拨付70%的资助资金，待项目完成验收后，根据验收结果和完成实际投资额再予结算并拨付剩余资助资金；计划投资额在150万元以上的研究开发项目和全部产业化项目，以项目上一年（期）实际完成投资额的审计报告为依据计算资助，同一项目实施期内申报资助一般不超过3次，并在项目完工验收时提供该项目最终实际完成投资额的审计报告。
市属企业资助资金由市财政直接拨付给企业。各区、县（市）企业的市财政资助资金部分通过市与区、县（市）的预算体制进行结算，由各区、县（市）财政拨付给企业；各区、县（市）安排的配套资助资金应在市财政资助资金下达后一个月内拨付给企业。
三、“新药港”建设项目奖励
（一）奖励项目。
1.对研制、引进和开发的新药（包括医疗器械）项目已获得新药证书或生产批文（医疗器械注册证），并在杭州市内实施产业化生产中取得成绩的企业给予奖励。其中拥有完全自主知识产权并获得国家发明专利授权的创新治疗药物奖励50万元；国外已有同类药物上市，企业通过结构修饰或工艺创新获得国家发明专利授权的治疗药物奖励20万元；国内首家上市的仿制治疗药物奖励10万元。其他首家在杭州市开发成功的新药开发项目（包括医疗器械）奖励1-5万元。
