在二级保护区内，禁止从事下列活动：新建、扩建向水体排放污染物的建设项目，超过国家或者地方规定的污染物排放标准排放污染物，设立装卸垃圾、油类及其它有毒有害物品的码头，船舶排放含油污水、生活污水。二级保护区内的直接排污口，按国家有关规定，由县级以上人民政府依法限期拆除。
在生活饮用水地表水源的各级保护区内从事生产、经营活动，不得破坏水源涵养林、护岸林以及与水源保护有关的植被，不得毁林开垦或者采石、采砂、取土，不得排放、倾倒工业废渣、城市垃圾及其它废弃物，不得使用炸药、毒药捕杀水生动物，不得新建、扩建化学制纸浆、印染、染料、制革、电镀、炼油、农药、化肥和其它污染生活饮用水水源的企业，不得利用渗井、渗坑、裂隙、溶洞排放、倾倒工业废水、含病原体的污水、含放射性物质的污水以及其它废弃物；不得利用储水层孔隙、裂隙、溶洞及废弃矿坑储存石油、放射性物质、有毒化学品、农药等，装载有毒有害物质的船舶和车辆通过保护区必须有防渗、防溢设施。
三、严格饮用水水源监督管理
各县区人民政府和有关部门要依法加强饮用水源的监督管理，抓紧建设生活污水及生活垃圾集中处理设施，加大公共供水污水处理费和自备水源污水处理费征收力度。2010年年底前，城市污水处理率达到80%以上，县城所在镇的污水处理率达到50%以上。
水务部门负责制定合理开发利用水资源的规划，做好水土保持工作，加强对饮用水源的管理和保护，防止污染和破坏水资源。
林业部门负责饮用水源环境保护区内水源涵养林及相关植被的保护和管理，改善生态环境，提高水体自净能力。
卫生部门负责一级保护区内饮用水源的水质卫生监测和卫生监督管理。
农业部门负责生活饮用水水源环境保护区内农药、化肥施用和禽畜粪便处理监督管理。
交通部门的港航监督机构负责对饮用水源保护区内通航水域船舶污染的监督管理。
渔业管理部门负责渔船的监督管理，防止渔船生活污水和含油污水对生活饮用水源造成污染。
公安部门负责对生活饮用水源地发生的违法行为的处理。
环保部门负责饮用水源的环境质量状况监测，定期公布监测结果。根据本行政区域内饮用水源环境保护目标，制定饮用水源保护区内污染物排放总量控制实施方案，经本级人民政府批准后组织实施。在污染物排放超过总量控制时，经本级人民政府批准，由环保部门责令超标排污的单位限期治理，减少或者停止排放污染物。
