加强对地下水资源的保护。在地下水超采区、地面沉降区，要划定禁采、限采区，并有计划地建设替代水源和地下水人工回灌补源工程。严禁利用渗坑、渗井、裂隙排放废水。
加强城市备用水源建设，强化城市供水水厂、管网和二次供水设施的管理和水质监测，采取集中供水、分散供水、分质供水以及卫生环境整治等措施，健全饮用水安全应急保障体系。加快农村饮水安全工程建设，优先解决因水污染造成疾病高发地区的人畜饮水困难，2010年底前根本解决因水污染导致的农村地区人畜饮水问题。
五、加强汾河流域水污染防治
认真贯彻《
山西省汾河流域水污染防治条例》，加强汾河流域水污染防治，2007年6月底前，汾河上游四县污水处理厂实现稳定达标运行，2008年底前汾河上游四县垃圾处理厂建成投用。禁止在汾河水库库区发展水产养殖业和污染水环境的旅游项目。汾河水库库区及周边区域要加大力度退耕还林还草，控制水土流失造成的水库污染；禁止向汾河干流和一级支流排放医药、生物制品、化学制剂、农药、石油炼制、焦化和其它有毒有害的工业废水。禁止在汾河上游干流两侧3公里、汾河中下游干流两侧2公里范围内新建污染水环境的企业，已建成的严重污染水环境的企业2007年底前完成治理改造或搬迁。实现汾河水库水质达到地表水三类水质标准，保障太原市饮水安全，汾河水库以下河段达到农田灌溉水质标准。
六、控制农业面源污染
2007年6月底前，完成一批具备条件的县（市）规模化畜禽养殖污染治理示范工程。2010年6月底前完成所有规模化畜禽养殖企业畜禽粪便和污水无害化处理，实现稳定达标排放和实现资源化利用。积极发展农村沼气，合理使用化肥，解决化肥过度使用造成的面源污染。
七、强化监督管理
严格建设项目环境影响评价和“三同时”管理，提高建设项目环境保护准入标准，把污染物排放总量控制指标作为项目审批的强制性条件，对超过环境容量、水环境污染严重的地区，禁止新建严重污染水环境的项目；对未履行环评审批擅自开工建设的项目和不执行“三同时”擅自投产或长期不验收的项目，责令停止建设或停产，并追究相关人员责任，从源头控制环境污染。
加强对重点污染源的监管。对影响水环境质量的重点排污单位增加污染物排放监测和现场执法检查频次，重点监测和检查有毒污染物排放和应急处置设施情况。充分发挥环保监管、部门协同、社会监督作用，建立环境保护统一战线，持续开展打击环境违法行为专项行动，严厉查处擅自停用环保设施的违法排污企业，重点打击利用渗坑渗井或私设暗管排污的违法行为，依法关停逾期不能完成治理任务的排污企业。
实行排污许可证制度。各地要依据水环境容量总量，对排污总量进行指标核定，并实施排污许可证管理。2007年底前，完成重点排污单位和城镇污水处理厂排污许可证的发放工作。建立以水环境容量为基础、以排污许可证为主要管理手段的排污总量控制体系。
