市重大水事纠纷事件应急组织指挥体系由应急指挥机构、日常办事机构和县（区）重大水事纠纷事件应急指挥机构组成。
2.1 应急指挥机构
特别重大水事纠纷事件（I级）、重大水事纠纷事件（Ⅱ级）、较大水事纠纷事件（Ⅲ级）发生后，根据应急处置需要，成立市重大水事纠纷事件应急指挥部（以下简称市指挥部），统一指挥、协调全市重大水事纠纷事件的应急处置行动。
2.1.1 市指挥部组成
指挥长：市政府分管副市长。
副指挥长：市政府副秘书长、市水利围垦局局长。
成 员：市水利围垦局、市公安局、市卫生局、市环保局、市水务局等单位负责人。
2.1.2 市指挥部主要职责
（1）贯彻落实市政府有关重大水事纠纷事件应急处置工作的指示和要求。
（2）统一领导、指挥、协调重大水事纠纷事件的应急处置行动。
（3）负责重大水事纠纷事件应急处置决策并进行指导监督。
（4）负责启动本预案。
（5）负责重大水事纠纷事件的信息发布、舆论引导等新闻宣传工作。
（6）研究解决重大水事纠纷事件应急处置过程中其他重大事项。
2.1.3 成员单位职责
（1）市水利围垦局：承担市指挥部办公室的工作；贯彻落实市指挥部的决定事项；第一时间赶赴水事纠纷事件现场调查了解事态发展情况；及时向市指挥部报告重大水事纠纷事件的应急处置重要情况，并提出有效建议。
（2）市公安局：组织事发地公安机关维护重大水事纠纷事件地区的治安秩序和现场秩序，依法打击处理水事纠纷事件应急处置过程中的违法犯罪活动。
（3）市环保局：组织对引起水事纠纷事件的排污单位进行调查，控制污染，并配合事发地政府，做好善后工作。
（4）市卫生局：组织协调医疗救治、疾病控制和卫生监督工作，根据需要提供医疗卫生技术支持。
（5）市水务局：组织事发地相关水事纠纷的调查，做好事发地应急观测与实时报告，负责供、用（排）水源安全，根据需要提供水务技术支持。
2.2 日常办事机构
市指挥部下设办公室，负责综合协调和日常工作。
2.2.1 市指挥部办公室组成
市指挥部办公室设在市水利围垦局，市水利围垦局分管副局长任办公室主任。
2.2.2 市指挥部办公室职责
（1）汇集上报重大水事纠纷事件信息和应急处置进展情况。
