第十三条 新农合基金分为住院补偿基金、门诊补偿基金、大病救助基金、风险储备基金等四部分。
(一)住院补偿基金用于参合农民患病住院医药费的补偿。住院补偿基金设置起付线、封顶线和报销比例。
(二)门诊补偿基金用于参合农民因病在门诊就医或体检等费用的补偿。门诊补偿基金报销金额不能超过家庭账户金额，超支不补，结余滚存。结余的基金不能抵扣下一年度参合农民个人缴费资金。
(三)大病救助基金用于参合农民医药费的二次补偿。参合农民因患大病住院，已获得封顶线以内的补偿，但医药费超过 10000元的，可申请使用大病救助基金，经县级合管办审核批准后予以拨付。
(四)风险储备基金是为防止新农合基金出现透支而设置的基金。风险储备基金一经使用应及时补充，当年没有使用的，次年不再从新农合基金中提取。
第十四条 新农合基金实行财政专户管理，专款专用，封闭运行，不得挤占挪用。县级合管办要严格按照自治区新农合基金管理的有关规定，建立健全基金预决算制度、内部财务会计制度和审计制度。
第十五条 各级人民政府每年按参合农民人数和补助标准核定新农合补助资金。从2007年起，自治区财政给参合农民每人每年补助11元，市、县(市、区)财政补助9元。设区的市级财政对参合农民的补助，不低于市、县(市、区)两级财政补助总额的30％。
第十六条 参合农民每人每年缴费不低于10元，经济基础较好的地区，可适当提高个人缴费标准。五保户、特困户的个人缴费，按照自治区农村医疗救助的有关规定，由当地政府从医疗救助基金中代缴。对农村领取了独生子女证并落实放环节育措施或依法只生育两个女孩并落实了结扎措施的家庭，免除夫妻双方及其子女的个人缴费，免除的费用由县(市、区)财政补助。
第十七条 参合农民个人缴费按年度收取，每年1次，当年缴费，当年受益。收费时使用自治区财政部门统一印制的票据。
第十八条 在国有商业银行或经国家批准的当地金融机构和财政部门设立新农合基金专用账户。筹集的新农合资金要及时划入县(市、区)新农合专用账户。
