市交通局：依法组织应急处置人员以及有关药品、器械等应急物资和检测样本的公路、水路和地方铁路的运输工作，并采取相应措施，防止疫情扩散，依法配合有关部门做好动物防疫的监督检查和疫区封锁工作。
市商务局：负责做好发生突发重大动物疫情期间生活必需品的市场供应工作，维护市场秩序；配合畜牧兽医、出入境检验检疫等部门，做好境内外可能对我市畜禽产品设限的应对工作，保证对北京、天津等市及香港、澳门特别行政区的畜禽及其产品的正常供应。
市卫生局：负责突发重大动物疫情应急处理中人员防护措施的指导以及人间疫情的监测、预防和诊疗工作。
市商检局：负责做好出入境动物及其产品的检验检疫工作，防止疫情的传入传出；及时收集、分析境外的动物疫情信息，并及时向市应急指挥部报告有关情况。
市工商行政管理局：根据疫区封锁情况，负责关闭疫区内的易感动物及其产品的交易市场。
铁路办事处：保证应急处置人员以及有关药品、器械等应急物资和检测样本的铁路运输和空运工作，采取相应措施，防止疫情扩散，依法配合有关部门做好动物防疫监督检查和疫区封锁工作。
市林业局：组织开展对陆生野生动物的资源调查和观测，组织专家分析和提出有关陆生野生动物的分布、活动范围和迁徙动态趋势等预警信息；协助畜牧兽医主管部门组织开展对陆生野生动物疫源、疫病的监测工作；发生陆生野生动物疫情时，会同有关部门迅速采取隔离控制等措施。
市新闻办公室：协助制定突发重大动物疫情应急处理的对外发布方案，组织协调新闻单位的新闻报道，必要时组织新闻发布会以及中外记者采访；跟踪境外舆情，及时对外澄清事实，主动引导舆论；加强新闻网站的管理和引导。
军分区：负责军队系统突发重大动物疫情的应急处理工作，协调军队有关防疫资源支援突发重大动物疫情的应急处理工作。
武警支队：负责武警系统突发重大动物疫情的应急处理工作，参与突发重大动物疫情的应急处理行动，配合畜牧兽医、公安等部门做好疫区封锁、动物扑杀工作。
市政府其他有关部门应当按照各自的职责和市应急指挥部的要求，做好突发重大动物疫情应急处理的相关工作。
市应急指挥部的办公室设在市畜牧兽医主管部门，负责按照市应急指挥部的要求，具体制定防治措施，部署扑灭突发重大动物疫情工作，并督促各地各部门按要求落实各项防治措施。
2.1.2 各县市区应急指挥部的组成和职责
各县市区应急指挥部由同级政府的主要负责人担任指挥长，有关部门和单位为成员单位，负责统一领导、指挥本行政区域内突发重大动物疫情的应急处理工作。
2.2 日常管理机构
市畜牧兽医主管部门负责全市突发重大动物疫情应急处理的日常管理工作。其主要职责是：组织、协调突发重大动物疫情的应急准备工作；负责本市有关突发重大动物疫情应急处理的规范性文件和应急预案的起草工作；建立和完善突发重大动物疫情的监测、报告、预警系统；定期组织突发重大动物疫情专业应急队伍进行应急演练，对兽医专业人员进行突发重大动物疫情应急知识和处理技术的培训。
