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随着农村经济的不断发展，乡镇经济出现了一些新情况、新问题，有些深层次矛盾日益显现，乡镇资金审计面临新的挑战。
（一）强化审计计划管理。各级审计部门每年要把乡镇资金审计列入年度审计项目计划中，力争3年内对区域内的乡镇资金轮审一遍。要进一步提高乡镇资金审计结果运用水平，每年乡镇资金审计情况要提交审计结果报告，向同级政府或人大报告。要及时对审计提出的需要整改落实的问题进行督查。
（二）转变审计方式，充分发挥审计整体优势。在认真总结以往“同级审”、“交叉审”、“上审下”经验的基础上，市审计局要组织县区审计部门进行上下联动，每年选择1至2个重点乡镇进行直接审计，与县区乡镇资金审计实行“统一方案、统一实施、统一报告、统一处理”的四统一方式，做到点面结合，发挥审计整体优势。
（三）突出重点，全面审计。除了市审计局组织的乡镇资金联动审计以外，当涂县、雨山区审计局每年要安排一定的审计力量进行乡镇审计；花山区、金家庄区审计局可以结合目前财政体制管理情况，在每年预算执行审计中把所属乡镇列为重点单位进行重点审计。在突出重点的基础上，做到所有乡镇、所有资金进行全面审计。
（四）改进审计方法，提高审计信息化水平。随着财政资金集中支付的推行，会计电算化普及，各级审计部门要结合实际情况充分利用计算机技术手段，积极开展计算机辅助审计，提高审计工作效率。今后对乡镇资金的审计尤其是各类涉农专项资金的财务审计，应采取就地审计和报送审计相结合的方式进行，并逐步过渡到以报送审计为主，以减轻被审计单位的负担。
要加强对乡镇资金实施项目的现场检查监督，审计取证方式应多样化，除了书面取证以外，还要利用照相机、摄像机等设备进行适当拍照、摄像，使审计取证更加全面直观。
（五）及时开展涉农专项资金审计和审计调查。各级审计部门要对涉农专项资金进行重点审计，尤其是对我市近几年出台实施的新型农村合作医疗资金、农业综合开发资金、农村饮用水工程资金和被征地农民养老资金等专项资金，要进行跟踪审计和审计调查，查找这些专项资金在分配、管理、使用中存在的共性、普遍性问题，加强审计情况的综合分析，提出对策，为政府进一步规范资金管理提供决策依据。
（六）不断深化乡镇领导干部经济责任审计。各级政府要高度重视乡镇领导干部任期经济责任审计工作，并作为今后乡镇资金审计的一项重要工作来抓。对一些重点乡镇领导干部的任期经济责任审计要在任中审一次，离任审一次，以避免审计周期过长而发生走过场现象。通过经济责任审计，摸清家底，评价业绩，明确责任，促进管理。要把乡镇资金审计与财政审计、经济责任审计及专项资金审计有机结合起来，以降低审计成本，提高审计效率。
（七）努力探索乡镇资金效益审计。要积极开展和探索农业产业结构调整、农业产业化发展有关投入产出情况的审计，审查资本金筹集的合法性、管理的规范性、使用的效益性，为农业产业结构调整、农业产业发展、培育和发展农业产业化龙头企业提出有针对性的对策和建议。
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