9、进一步加大对南京地区物流企业的税收扶持力度。符合自开票纳税人条件的物流企业，其运输业务可以按扣除支付给分运方运费后的余额为营业额缴纳营业税。
符合规定的物流企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款可以按差价纳税。
符合规定的物流企业，如果一项业务既含有运输业务又含有仓储业务和其他服务业务，可以合理区分应税业务收入金额，减少税收费用。
物流企业将承揽的业务外包给其他单位并由其统一收取价款的，以其全部收入减去其他项目支出后的余额，作为营业税计税基数。
符合国家发改委规定的物流企业，经审批在同一省、自治区、直辖市范围内设立的跨区域机构（包括场所、网点）可以由总部统一缴纳企业所得税。
对符合国家产业政策的技术改造项目的物流企业购置信息管理系统、建设物流配送中心所需国产设备的技术改造投资，可享受国产设备投资抵免所得税的政策。
现代物流企业，缴纳土地使用税、房产税确有困难，经批准可以定期给予减免城镇土地使用税、房产税。
10、进一步加大对传统运输业的税收扶持力度。内资企业参加运输保险按规定缴纳的保险费用，企业所得税税前可以据实扣除。
对铁路、公路、航运、水路承运快件行李、包裹开具的托运单据，暂免征收印花税。
11、进一步加大对道路经营企业的税收扶持力度。对公路经营企业收取的高速公路车辆通行费收入统一减按3%的税率征收营业税。
12、进一步加大对港口经营企业的税收扶持力度。对港口码头用地，免征土地使用税；对港口的露天堆货场用地，纳税有困难的，经批准减征或免征土地使用税。
13、进一步加大对港口建设企业的税收扶持力度。从2000年10月22日起，对交通、建设部门贷款或按照国家规定有偿集资修建路桥、隧道、渡口、船闸收取的车辆通行费、船舶过闸费，其收费项目和标准经审核批准不缴纳营业税。
对从事港口码头建设的中外合资经营企业，减按15%的税率征收企业所得税。经营期15年以上的，经批准，从获利年度起，第1～5年免征企业所得税，第6～10年减半征收企业所得税。
14、进一步加大对相关外资企业的税收扶持力度。外国企业开发能源、发展交通事业提供专有技术所取得的特许权使用费，经批准，可以减按10%的税率征收所得税。技术先进或者条件优惠的，可以免征所得税。
