3、鼓励和引导运输代理业落户南京地区。货运代理企业的营业税，可在扣除支付给其他单位的港口费用、运输费、保管费、出入境检疫费、熏蒸费、仓储费、装卸费及其他代理费用后，计算缴纳营业税。
4、鼓励和引导运输制造业向南京地区集聚。对船舶工业、飞机制造和经财政部批准的企业，其机器设备可采取双倍余额递减法或年数总和法加速折旧。
对财务核算制度健全、实行查账征税的运输制造企业，其研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的技术开发费在按规定实行100%扣除基础上，允许再按当年实际发生额的50%在企业所得税税前加计扣除。
企业用于研究开发的仪器和设备，单位价值在30万元以下的，可一次或分次计入成本费用，在企业所得税税前扣除。企业用于研究开发的仪器和设备，单位价值在30万元以上的，允许其采取双倍余额递减法或年数总和法实行加速折旧。
5、解决物流企业工资瓶颈问题，全面落实工资与效益挂钩政策。对符合条件的企业，允许采用工效挂钩计税方法，有效减轻南京地区物流企业的税收负担，促进南京地区物流企业的良性发展。
6、进一步加大对南京地区公路运输业支持力度。对公路运输企业从事联运业务的，可扣除支付给分运方的运费后的余额为营业额缴纳营业税，但货物运输业代开票纳税人除外。
7、进一步加大对南京地区远洋运输企业的税收扶持力度。对外国公司、企业将集装箱租给我国公司、企业用于国际运输所取得的租金收入，暂免征收所得税。
外国海运企业从事国际运输业务，从在中国境内取得的收入总额，扣除按收入总额95%计算的成本、费用和损失后的余额，计征企业所得税。
外国海运企业从事国际运输业务，从在中国境内取得的收入总额，扣除按收入总额95%计算的成本、费用和损失后的余额，计征企业所得税。
远洋运输船员（含国轮船员和外轮船员）的工资、薪金所得，在计征个人所得税时，允许在每月1600元费用的基础上，再附加减除费用3200元。
8、进一步加大对南京地区航空运输企业的税收扶持力度。航空企业从事包机业务，包机公司向旅客或货主收取的运营收入，其应税营业额为向旅客或货主收取的全部价款和价外费用减除支付给航空运输企业的包机费后的余额。
外国航空企业从事国际运输业务，从在中国境内取得的收入总额，扣除按收入总额95%计算的成本、费用和损失后的余额，计征企业所得税。
