第四条 （资金配套管理原则）
市配套部门负责对本市项目依托单位承担国家重大专项提供资金配套及管理。
区（县）配套部门负责本区（县）企业承担上海市重大科技项目的资金配套和管理。
市发展改革委、市科委、市财政局负责国家重大专项、上海市重大科技项目资金配套的总体监管，市、区（县）配套部门负责具体管理。
第五条 （国家重大专项配套资金审核）
国家重大专项资金配套实行立项审核制度。成立由市发展改革委、市科委、市财政局参加的上海市国家重大专项配套资金立项审核小组（以下简称“审核小组”，常设受理机构设在市科委），对专项资金配套立项、调整和变更进行审核。市配套部门将拟推荐的项目和资金配套方案提交审核小组审核。经审核小组评审通过后，列入市配套部门的部门预算或由市财政在重大（科技）专项经费中统筹安排，市配套部门出具资金配套承诺。
第六条 （国家重大专项分类配套）
本市对承担国家重大专项的项目依托单位按项目领衔、项目参与这两种类型实行分类配套。
本市项目依托单位领衔承担国家重大专项的，按实际获得国家经费的10%予以配套，如中央有关部门或重大专项组织单位有明确配套比例要求的，按确定的比例予以配套。
本市项目依托单位参与国家重大专项子课题项目（在立项批文及合同中有明确项目编号）的，按项目领衔单位拨入经费的10%予以配套。
第七条 （上海市重大科技项目配套）
区（县）企业承担上海市重大科技项目的，由所在地的区（县）配套部门向市级立项部门出具推荐意见及资金配套承诺。区（县）配套部门按市财政在该项目中投入资金的10%予以配套。
第八条 （配套资金核拨）
配套资金的核拨与项目立项、中期执行情况检查和项目验收相结合，实行一次核准、分期拨款。
国家重大专项配套项目经立项评审确定后，由项目依托单位向市配套部门申请配套资金，市财政根据审核小组的审核结果，按财政资金支付管理的有关规定核拨。
上海市重大科技项目配套项目由项目依托单位向区（县）配套部门申请配套资金，区（县）财政按配套区（县）主管部门的审核结果以及财政资金支付管理的有关规定核拨。
