市财政部门对土地出让收入统一编码，国土房管部门据此开具缴款通知书，国土房管和财政部门督促土地使用者严格履行土地出让合同，同时按照合同约定、缴款金额和有效缴款凭证办理国有土地使用证，对未按出让合同缴纳土地出让收入的不得核发国有土地使用证。具体征缴办法由市财政局会同市国土房管局、人行重庆营管部另行制定。
二、完善土地出让收入分配机制
土地出让收入全额缴入国库，纳入地方政府基金预算管理，土地出让支出一律通过地方政府基金预算从土地出让收入中予以安排，实行彻底的“收支两条线”。从缴入各级国库的十地出让收入中按6％计提，建立国有土地收益基金，专项用于土地收购储备整治和弥补征地农民养老保险所需资金不足。
(一)完善土地出让收入分配。
主城规划区内的土地出让收入，通过非税系统全额缴入市级金库，并按以下政策分配：
1．拨付征地和土地整治成本，优先保证被征地农民利益；
2．根据国家政策，按照土地出让平均收益的20％计提农业土地开发资金，按照土地出让金的6％计提国有土地收益基金；
3．根据市政府有关政策，计提交通重点建设资金、计提三峡库区产业担保资金、安排市政府批准的各种个案支出(在计提相关规费后)：
4．支付征收部门征收业务费，扣除上述政策支出后的资金，按市区55：45(市与中心镇按45：55)分成，其中市分成部分用于城市基础设施建设、廉租房建设和地质灾害防治。
高新区、经开区以及渝北、巴南、北碚三区在主城规划区外收取的土地出让收入，通过非税系统全额缴入区级金库，作为区级收入按照土地出让收入的6％建立国有土地收益基金，其中土地出让金的6％上解市财政局：两个开发区计提的农业土地开发资金上解市财政局，专项用于农业土地开发整理等。其余土地出让收入由区级政府按照政策安排使用。
市级土地储备机构收购储备土地，整治后形成的土地收益上缴市财政后统一转作市级国有土地收益金，专项用于主城范围内土地收购储备整治；市级按出让金集中的6％国有土地收益金统筹用于市级土地储备机构收购储备土地的整治和弥补主城范围的被征地农民养老保险所需资金不足。
其他区县(自治县)收取的土地出让收入，通过非税系统全额缴入区县(自治县)金库，作为区县 (自治县)级收入按照土地出让收入的6％建立国有土地收益金，专项用于区域内收购储备土地的整治和弥补被征地农民养老保险所需资金不足。其余土地出让收入由区县(自治县)政府按照政策安排使用。
