环保部门负责本次行动的组织协调，加大执法检查力度，及时发现、查处违法排污和其他污染环境的违法行为。定期通报专项行动进展情况，并联合国资，经贸、卫生、安监等部门对企业负责人和员工进行环境安全方面的宣传教育。
发展改革部门负责规划和综合协调重大项目建设，将有关环保工程项目列入市重点建设项目计划，检查环保重点项目建设计划执行情况。
经贸部门负责推行清洁生产工艺、废料回收生产技术和对污染排放全过程控制情况的检查，联合科技、环保部门开展企业清洁生产宣传工作，组织开展清洁生产企业验收，协助环保部门做好清洁生产审核工作，配合环保部门对企业负责人和员工进行环境安全方面的宣传教育。
国资部门负责督促其监管的企业完成政府责令限期治理任务，配合环保部门对有关企业负责人和员工进行环境安全方面的宣传教育。
监察部门负责协助环保部门依法开展执法检查，及时查处违法排污行为，并依据《关于对违反环境保护法律法规行为党纪政纪处分的暂行规定》，追究违纪违法有关责任人员的责任。
卫生部门负责对医疗机构内部医疗废物收集、运送、贮存、处置活动的监督管理；配合环保部门对企业负责人和员工进行环境安全方面的宣传教育。
司法部门负责组织环保法制宣传教育活动，为开展专项行动营造良好的法治环境，对群众维护环境权益的行为提供必要的法律帮助。
工商部门负责协助执行政府对违法企业下达的取缔关闭决定，依法注销或吊销其营业执照，对无照经营的不法企业依法取缔。
安监部门要加强对企业安全生产的监管，特别是危险化学品生产单位的监管，促使企业完善安全生产条件，防止或减少因生产安全事故引发的环境污染，配合环保部门对企业负责人和员工进行环境安全方面的宣传教育。
质监部门负责依法查处生产国家明令淘汰产品、假冒伪劣产品的违法行为；依法查处未取得生产许可证而擅自生产危险化学品的违法行为。
五、时间安排
（一）动员组织阶段（2006年4月30日前）
各市、区按照此次专项行动的目标和任务，进行动员、组织和部署，并对辖区内的重污染源进行全面摸底清理，确定执法重点，制定本地区的行动方案。
（二）自查自纠阶段（2006年5-6月）
各市、区要对辖区内重点污染企业和存在的环境问题进行深入检查，针对存在的环境隐患进行自查自纠，提出整治意见并逐步解决，并按照《重污染行业环境安全情况调查表》填写自查情况，于6月10日前上报市环保局。
