2、县级农村合作医疗办设立农村合作医疗基金支出账户，根据财政部门核定的合作医疗基金年度预算及月度收支计划，填写财政部门统一印制的用款申请书，加盖本单位用款专用章，报送同级财政部门。财政部门对用款申请审核无误后，应在5个工作日内将基金从财政专户拨付到支出户。
3、县级合医办根据乡镇每月的实际报销情况核拨合作医疗资金。每月审核、结算一次。
4、镇级支出分户只能由县级支出专户转入资金和支付农户报销医药费用，不能现金存入和转出资金（利息除外）。镇级支出分户由镇财政结算中心和乡镇经办机构共同管理和建帐。乡镇经办机构负责农民日常补偿工作并记合作医疗补偿出纳账，于每月10号前将经过县级合作医疗办审核后的上月补偿报销原始凭证、银行对账单、合作医疗补偿明细表交本镇财政结算中心。镇财政结算中心负责建立合作医疗会计账。
（二）镇合医办负责合作医疗住院（门诊）费用审核报销工作。镇合医办支付给农民的住院报销费用，通过现金取款凭证（一人次一张）兑付，不得直接支付现金。
（三）不予补偿范围包括：
1、打架、服毒、自杀、酗酒、犯罪、性病、镶牙、配镜、整容、矫形、器官移植、计划生育手术及其后遗症、ＣＴ检查、核磁共振、伽马刀、超声碎石等均不予补偿。
2、自请医生、自购药品以及公费医疗规定不能报销的药品，不予报销。
3、伙食费、营养费、取暖费、水电费、陪护费、输血费、救护车费、自请护士特护费，不予报销。
4、属其他责任人应承担的交通事故。
5、凡不是以户为单位参加合作医疗者。
6、已参加城镇医疗保险者。
七、基金的监督
（一）成立由人大、审计、财政、纪检、监察、物价、卫生等部门有关人员组成的新型农村合作医疗监督委员会，在党委、政府的领导下，每半年对县（市、区）和镇合作医疗资金的使用和管理情况进行检查、监督、审计和指导。
（二）建立农村合作医疗公示制度。县（市、区）和镇合医办每季度定期公布一次本辖区农村合作医疗资金的收支情况（包括住院报销人数、名单和报销金额以及农村特困户资金救助情况等），公示到每个村委和村卫生站，接受村民和社会各界的监督。
（三）农村合作医疗经办机构工作人员在农村合作医疗资金管理过程中，玩忽职守，营私舞弊，弄虚作假的，按有关规定严肃处理，情节严重构成犯罪的移交司法机关追究刑事责任。
