1、县（市、区）农村合作医疗领导小组负责制定本县（市、区）农村合作医疗实施方案，建立合作医疗各项管理规章，制定合作医疗资金的使用和管理办法，监督镇级合作医疗服务和审核费用结算，监督农民医药费用的审核和报销，查处各种违规行为，对镇级合作医疗管理人员进行培训和考核，向同级人大、政府、农村合作医疗工作领导小组和监督委员会报告工作，处理合作医疗争议。完成省、市交办的各项农村合作医疗工作任务。
2、镇农村合作医疗领导小组根据上级的布置，组织宣传发动工作，筹集辖区内农户参加合作医疗的统筹资金，以村为单位造册登记。镇合医办负责农户合作医疗报销工作，负责参保人员报销补偿的登记，及时公布合作医疗报销情况，协助上级做好合作医疗统计工作。
3、村委会负责宣传发动本村村民参加合作医疗，协助筹集合作医疗资金，做好农户参加合作医疗的造册登记工作。
（四）县（市、区）、镇合作医疗经办机构要配备合适工作人员（熟悉电脑操作），工作经费纳入同级财政预算。各地要根据实际工作需要，配足人员，落实办公经费。县（市、区）、镇财政应按参合人数人均0.5元以上的标准安排农村合作医疗工作经费，保障工作的正常运作。
（五）农村合作医疗工作实行信息化管理。从2007年起，县（市、区）、镇的农村合作医疗农户资料、报销补偿等工作全部录入电脑，网上传输，实行信息化管理。
（六）实行目标责任管理，农村合作医疗工作列入政府和基层组织年度考核。
三、参保人的权利和义务
（一）户籍在本市的农民只要承认当地合作医疗章程，符合章程规定条件，依时交纳农村合作医疗保障金，都可以参加农村合作医疗。
（二）农民参加合作医疗，以户为单位参加。在履行交费义务后，由合作医疗管理机构核发《新型农村合作医疗证》和《新型合作医疗门诊补偿卡》。
（三）参保人权利：享受规定的医疗卫生保健服务；享受规定的各项医疗卫生保健补偿；监督合作医疗资金的使用和管理，对合作医疗的管理提出意见和建议。
（四）参保人义务：遵守和维护农村合作医疗的章程及有关规定；按时交纳合作医疗保障金；妥善保管合作医疗凭证；检举破坏合作医疗的不良行为和冒名顶替等现象。
四、资金的筹集
